研究病毒的遺傳變異，作為研究對象的病毒毒株，當然必須純化。如果原始毒種本來就較混雜，或者已有許多變異病毒存在其中，那就容易產生假象，難以發現規律性的東西。其次，要有客觀的鑒定指標和方法，以便正確地判定病毒特性的改變情況。
1.病毒的純化 通常所謂的“純係”病毒，亦即克隆株(clone)，其實也是一個或幾個病毒粒子的許多子代的群體，而在這些群體中可能又出現了新的變異，尤其是RNA病毒。但因原種數量占絕對優勢，在表現性狀上仍可承認其為純係。 動物病毒的純係分離，亦即純化，主要應用4種方法。 (1)蝕斑分離法：原理與分離噬菌體時應用細菌培養物的蝕斑法相同。即用高度稀釋的病毒液感染玻璃瓶或平皿中培養的單層細胞，由於病毒呈現致細胞病變作用，而在單層細胞上形成蝕斑。從理論上講，一個病毒粒子形成一個蝕斑，因此，根據蝕斑的大小、形狀和色澤等性狀，選擇不同的代表進行移植傳代，就有可能獲得若幹不同的純係毒株(包括變異株)。但在實際上，一個蝕斑往往由幾十個乃至幾百個病毒粒子形成。因此，由一個蝕斑分離獲得的毒株常是許多個病毒的後代，需要進行反複多次的蝕斑分離，才有可能獲得來源自一個病毒粒子的“純係”病毒。 (2)病斑分離法：某些可在雞胚絨毛尿囊膜上增殖的病毒，例如痘病毒和某些皰疹病毒等，可以根據其在絨毛尿囊膜上形成的病斑特征進行純係分離，其基本原理和方法同蝕斑分離法。 (3)終點稀釋法：本法是在研究甲型流感病毒所謂的O－D變異時最早創立的。應用雞胚羊膜囊分離甲型流感病毒時，第一代羊水病毒對豚鼠紅細胞呈現很高的凝集價，但對雞紅細胞的凝集價很低，稱為“O”相。取此第一代病毒在低倍稀釋後作第二代羊膜腔傳代，第二代病毒對豚鼠和雞紅細胞具有幾乎相等的凝集價，稱為“D”相。但如將第一代病毒作高倍稀釋後再行接種傳代，例如相當於1/2 ID50的稀釋度——終點稀釋度(在8個雞胚中隻有2～3個感染)，則第二代病毒仍能保持“O”相。如果隨後繼續應用這種“終點”稀釋度傳代，一般可以無限地保持病毒“O”相的性狀。這是由於終點稀釋時隻有占多數的“O”相病毒粒子能夠獲得感染下一代雞胚的機會，毒株性狀因而保持不變。 終點稀釋法目前已經廣泛用於毒株純化和變異株選育等工作，特別是在那些不能進行蝕斑分離或病斑分離的病毒。 假如在某原株病毒“A”中出現了少數變異型病毒“B”。為了純化原株“A”，可將原毒高倍稀釋，例如10-5～10-8，每個稀釋度接種3～5管細胞培養物。根據細胞
病變出現情況，選定“終點”管。如在10-8稀釋度接種的5個管中有3管出現細胞病變，則這3管就是終點。可以有條件地認為它們是一個或少數幾個病毒粒子的後代。鑒定並選出其中最具“A”病毒特性的一株，並視需要將其再作2～3輪終點稀釋，通常即可獲得純係的“A”毒株。 如欲分離獲得純係的變異型病毒“B”，應將原毒進行低倍稀釋，例如10-1～10-3，多次傳代，使變異株病毒的數量相對增多(在變異株病毒具有較高增殖能力和增殖速度的情況下，成功率將顯著增加)，隨後再作終點稀釋分離方法。為提高分離率，可以應用終點或接近終點的多管細胞培養物，從中選取較多呈現變異型“B”株特性的管，再作以後幾輪的終點稀釋分離，直至獲得純係的“B”毒株。 (4)細胞克隆法：先在玻璃器皿內培養對病毒敏感的細胞，待其長成單層後，接種高度稀釋的原始毒種。短時間(30～60分鍾)溫育後，應用細胞分散劑，例如胰酶、二乙胺四乙酸二鈉(EDTA)或鏈黴蛋白酶(pronase)將單層細胞從玻璃表麵剝離下來，並消化成單個細胞。將此細胞懸液用營養液高度稀釋，使每毫升營養液內約含1個細胞。隨後接種大量的小培養瓶或小培養管，每瓶(管)1毫升。這樣，每個培養瓶或培養管內含有1個感染細胞。再置37℃溫度下培養，約經2～3天，選擇確含1個細胞的培養瓶(管)，即為初步純化的病毒。再經幾次同樣的接種和篩選，就可獲得純化的毒株。應用微量培養板進行細胞克隆，當然更為簡單方便。
2.遺傳指標 鑒定病毒遺傳變異特性的常用指標包括：①病毒粒子的形態；②抗原構造及血清學性狀；③蝕斑或病斑的大小和性狀；④致細胞病變(CPE)的特征；⑤病原性，包括感染範圍和毒力；⑥對理化學因素的抵抗力；⑦對幹擾素的敏感性。 病毒的遺傳變異特性，由其本身和子代病毒粒子表現出來。但是，表型相同的病毒，其基因型(或稱遺傳型)可能不同。以蝕斑大小這一特性為例，O毒株形成大型蝕斑，M毒株形成小型蝕斑，純型的O(OO)和M(MM)毒株及其子代當然分別地隻形成大型和小型蝕斑。但是O與M的雜交或重組型病毒(Om或oM)，雖然也隻形成一個型的蝕斑為其表型，但其後代中將可能出現兩個型的蝕斑，因為它在基因型上含有O和M兩種基因。反過來，基因型相同的病毒，又可因外界條件等的抑製影響而不充分表現其特性。表型是基因型和環境條件相互作用的結果。故在病毒遺傳變異的研究中，必須掌握正確的方法，並保證實驗條件的嚴密性和恒定性，力求消除各種意外幹擾，並可考慮采用病毒成分或核酸分子的雜交和交互複活等驗證手段
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