所謂的微生物是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要借助顯微鏡觀察的微小生物。微生物包括原核微生物（如細菌）、真核微生物（如真菌、藻類和原蟲）和無細胞生物（如病毒）三類。
主要特性
微生物最大的特點，不但在於體積微小，而且在結構上亦相當簡單。由於微生物體積極之微小，故相對麵積較大，物質吸收快，轉化快。微生物在生長與繁殖上亦是很迅速的，而且適應性強。從寒冷的冰川到極酷熱的溫泉，從極高的山頂到極深的海底，微生物都能夠生存。
由於微生物適應性強，又容易在較短時間內積聚非常多的個體（例如10^10個/毫升的數量級），因此容易篩選並分離到突變株。容易得到微生物突變株的性質，給人類利用與開發微生物帶來廣闊契機，但也是導致抗藥性的內在原因。
微生物的代謝
微生物的代謝指微生物（細胞）內發生的全部化學反應。 微生物的代謝異常旺盛，這是由於微生物的表麵積與體積比很大（約是同等重量的成年人的30萬倍），使它們能夠迅速與外界環境進行物質交換。
代謝產物 微生物在代謝過程中，會產生多種代謝產物。根據代謝產物與微生物生長繁殖的關係，可以分為初級代謝產物和次級代謝產物兩類。 初級代謝產物是指微生物通過代謝活動產生的、自身生長和繁殖所必須的物質，如氨基酸、核苷酸、多糖、脂質、維生素等。在不同種類的微生物細胞中，初級代謝產物的種類基本相同。 次級代謝產物是指微生物生長到一定階段才產生的化學結構十分複雜，對該微生物無明顯生理功能，或並非是微生物生長和繁殖所必須的物質，如抗生素、毒素、激素、色素等。不同種類的微生物所產生的次級代謝產物不相同，它們可能積累在細胞內，也可能排到外環境中。
代謝的調節 微生物在長期的進化過程中，形成了一整套完善的代謝調節係統，以保證證代謝活動經濟而高效地進行。微生物的代謝調節主要有兩種方式：酶合成的調節和酶活性的調節。另外人工控製微生物代謝的措施主要包括改變微生物遺傳特征，控製生產過程中的各種條件等。
主要分類
微生物主要分為以下幾類：
. 原核微生物
. 細菌(Bacteria)
. 古菌(Archaea)
. 真核微生物
. 真菌(Fungi)
. 原生生物(protozoan)
. 藻類(algae)
. 無細胞生物
. 病毒(virus)
. 類病毒(virusoid)
. 擬病毒(viroid)
. 朊毒體（亦稱朊病毒、蛋白質質感染性顆粒）(prion)
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