近年來，隨著分子生物學技術的飛速發展，尤其是分子遺傳學的進步，大大提高了病毒病的診斷水平。病毒病的實驗室診斷技術已從常規的病毒分離鑒定以及抗原和抗體的免疫學檢測，進入到可對病毒基因序列和結構直接進行測定的分子生物學水平。病毒病的分子生物學診斷，包括對病毒核酸(DNA或RNA)和蛋白質等的測定，關鍵在於測定這些分子的特異序列或結構。病毒基因組往往含有特異序列，可以用核酸雜交的方法予以檢出，而這段序列的存在則說明了該病毒的存在。雖然病毒是嚴格細胞內寄生的最小、最簡單的生命形式，但也具有與宿主細胞不同的獨特的核酸序列 和基因結構。常用的分子生物學診斷技術包括基因組電泳分析、DNA酶切圖譜分析、寡核苷酸 指紋圖、核酸雜交、聚合酶鏈式反應(PCR)等。其中核酸雜交和PCR技術又以其特異、快速、敏感、適於早期和大量樣品的檢測等優點，成為當今病毒病診斷中最具應用價值的方法。 DNA雜交的靈敏度已經提高到0.05pg/μl水平，也就是說，隻要有1000個DNA拷貝，就可能被檢測出來。使用PCR甚至可以檢測出一個拷貝的DNA分子。分子生物學診斷的特異性取決於核酸序列的特異性。現已發現某些病毒與宿主細胞或與其它病毒之間存在著同源的核酸 序 列，因此在建立分子雜交或PCR診斷方法時，需要了解基因片段的核苷酸序列，獲得病毒特異的片段。在這一片段上標記放射性同位素或非放射性物質(如地高辛、生物素等)作為探針 ,就可建立分子雜交診斷方法;也可根據這一片段的核苷酸序列，設計一對特異引物，應用PC R技術擴增這一片段。獲得病毒特異DNA片段的基礎是進行病毒基因的克隆，即首先建立易於獲得足夠量病毒DNA的病毒基因無性繁殖係。病毒基因克隆以後，就可以比較容易地用 酶促法或化學法來測定其核苷酸序列，再將獲得的序列輸入計算機，與基因序列庫中的己知序列進行比較分析，就能準確地定位病毒特異的基因序列。到目前為止，越來越多的病毒基 因被克隆和測序，幾乎涉及所有動物病毒科的成員，一些重要病毒的全基因序列已被測定，這無疑促進了病毒病分子生物學診斷技術的發展。
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