第一 獲取病毒分離樣品，這個要求比較高，采集後如果不能立即操作則必須低溫保存，並盡快送實驗室操作。另外也可以冷凍保存，一般情況下病毒是不容易凍死的。當然某些特殊病毒除外，這需要查閱相關資料。
第二 病毒分離操作，將獲取病樣研磨，並凍融至少一次，當然研磨過程中必須低溫。同時研磨應充分，在研磨時可以加入生理鹽水或PBS或者直接加細胞培養液，研磨完全後凍融一到三次，凍融的目的是為了讓細胞完全破裂將細胞內的病毒釋放到溶液中。然後低速離心，取上清用0.22微米的濾膜過濾，去過濾後的液體接種細胞。此時須注意，並不是所有病毒接種是都需要讓細胞完全長滿細胞瓶，一般是不能產生細胞病的病毒最好在細胞長到40%左右接種，而能產生細胞病變的則需要完全長滿細胞瓶以後再接種病毒。接種過程中為避免汙染可以加入雙抗，或者其他抗生素。
第三 接種後觀察，某些能產生細胞病變的病毒很容易觀察，直接在顯微鏡下就能看是否分離成功；如果病毒不產生細胞病變，則需要用其他的方法來檢測，比如可用熒光抗體染色、PCR或者其他方法。不過大部分情況下第一代都不容易看到或者效果不好，這時你可以再傳幾代試試。如果再傳四~五代以後都沒有的話，那恭喜你，你失敗了，或者你的方法有問題，或者根本就沒有你要分離的病毒，或者在分離過程中你的病毒就已經死了。
用細胞分離病毒大概就是這個過程，當然某些病毒可能還沒有相應的傳代或者原代細胞，如果要分離就隻能用易感動物了，操作都是相似的，無非都是采樣、樣品處理、接種、接種後檢測觀察、收集病毒而已。上麵說到的方法都是從動物組織中分離，當然如果不是組織，比如你要從糞便或者尿液或取的拭子上分離，則可直接將其用生理鹽水、PBS或細胞培養液稀釋（要盡量搖勻如果是拭子的話應多擠壓搖勻）然後離心取上清過濾接種細胞就可以了。
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