生物安全工作的核心是危險度評估。危險度評估應當由那些對所涉及的微生物特性、設備和規程、動物模型以及防護設備和設施最為熟悉的人員來進行。
進行微生物危險度評估最有用的工具之一就是列出微生物的危險度等級（見第1章）。然而對於一個特定的微生物來講，在進行危險度評估時僅僅參考其危險度等級是遠遠不夠的，適當時還應考慮其他一些因素，包括：
1、微生物的致病性和感染數量
2、暴露的潛在後果
3、自然感染途徑
4、實驗室操作所致的其他感染途徑（非消化道途徑、空氣傳播、食入）
5、微生物在環境中的穩定性
6、所操作微生物的濃度和濃縮標本的容量
7、適宜宿主（人或動物）的存在
8、從動物研究和實驗室感染報告或臨床報告中得到的信息
9、計劃進行的實驗室操作（如超聲處理、氣溶膠化、離心等）
10、可能會擴大微生物的宿主範圍或改變微生物對於已知有效治療方案敏感性的所有基因技術
11、當地是否能進行有效的預防或治療幹預。
根據危險度評估過程中所明確的上述信息，可以確定所計劃開展的研究工作的生物安全水平級別，選擇合適的個體防護裝備，並結合其他安全措施製訂標準操作規範（standard operating procedure，SOP），以確保在最安全的水平下來開展工作。
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