廢棄物是指將要丟棄的所有物品。
在實驗室內，廢棄物最終的處理方式與其汙染被清除的情況是緊密相關的。對於日常用品而言，很少有汙染材料需要真正清除出實驗室或銷毀。大多數的玻璃器皿、儀器以及實驗服都可以重複或再使用。廢棄物處理的首要原則是所有感染性材料必須在實驗室內清除汙染、高壓滅菌或焚燒。
用以處理潛在感染性微生物或動物組織的所有的實驗室物品，在被丟棄前應考慮的主要問題有：
1、是否已采取規定程序對這些物品進行了有效的清除汙染或消毒？
2、如果沒有，他們是否以規定的方式包裹，以便就地焚燒或運送到其他有焚燒設施的地方進行處理？
3、丟棄已清除汙染的物品時，是否會對直接參與丟棄的人員，或在設施外可能接觸到丟棄物的人員造成任何潛在的生物學或其他方麵的危害？
清除汙染
高壓蒸汽滅菌是清除汙染時的首選方法。需要清除汙染並丟棄的物品應裝在容器中（如根據內容物是否需要進行高壓滅菌和／或焚燒而采用不同顏色標記的可以高壓滅菌的塑料袋）。也可采用其他可以除去和／或殺滅微生物的替代方法。
汙染性材料和廢棄物的處理和丟棄程序
要對感染性物質及其包裝物進行鑒別並分別進行處理，相關工作要遵守國家和國際規定。廢棄物可以分成以下幾類：
1、可重複或再使用，或按普通“家庭”廢棄物丟棄的非汙染（非感染性）廢棄物
2、汙染（感染性）銳器——皮下注射用針頭、手術刀、刀子及破碎玻璃；這些廢棄物應收集在帶蓋的不易刺破的容器內，並按感染性物質處理
3、通過高壓滅菌和清洗來清除汙染後重複或再使用的汙染材料
4、高壓滅菌後丟棄的汙染材料
5、直接焚燒的汙染材料。
銳器
皮下注射針頭用過後不應再重複使用，包括不能從注射器上取下、回套針頭護套、截斷等，應將其完整地置於盛放銳器的一次性容器中。單獨使用或帶針頭使用的一次性注射器應放在盛放銳器的一次性容器內焚燒，如需要可先高壓滅菌。
盛放銳器的一次性容器必須是不易刺破的，而且不能將容器裝得過滿。當達到容量的四分之三時，應將其放入“感染性廢棄物”的容器中進行焚燒，如果實驗室規程需要，可以先進行高壓滅菌處理。盛放銳器的一次性容器絕對不能丟棄於垃圾場。
高壓滅菌後重複使用的汙染（有潛在感染性）材料
任何高壓滅菌後重複使用的汙染（有潛在感染性）材料不應事先清洗，任何必要的清洗、修複必須在高壓滅菌或消毒後進行。
廢棄的汙染（有潛在感染性）材料
除了銳器按上麵的方法進行處理以外，所有其他汙染（有潛在感染性）材料在丟棄前應放置在防滲漏的容器（如有顏色標記的可高壓滅菌塑料袋）中高壓滅菌。高壓滅菌後，物品可以放在運輸容器中運送至焚燒爐。如果可能，即使在清除汙染後，衛生保健單位的廢棄物也不應丟棄到垃圾場。如果實驗室中配有焚燒爐，則可以免去高壓滅菌：汙染材料應放在指定的容器（如有顏色標記的袋子）內直接運送到焚燒爐中。可重複使用的運輸容器應是防滲漏的，有密閉的蓋子。這些容器在送回實驗室再次使用前，應進行消毒清潔。
應在每個工作台上放置盛放廢棄物的容器、盤子或廣口瓶，最好是不易破碎的容器（如塑料製品）。當使用消毒劑時，應使廢棄物充分接觸消毒劑（即不能有氣泡阻隔），並根據所使用消毒劑的不同保持適當接觸時間。盛放廢棄物的容器在重新使用前應高壓滅菌並清洗。
汙染材料的焚燒必須得到公共衛生、環保部門以及實驗室生物安全官員的批準。
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