三級生物安全水平的動物設施適用於專門接種了危險度3級微生物的動物，或根據危險度評估結果來確定。所有係統、操作和規程每年都需要重新檢查及認證。需要執行下列安全防護措施：
1、必須符合一級和二級生物安全水平動物設施的所有要求。 2、嚴格控製進入。
3、設施必須通過由雙門入口構成的緩衝間，以便與實驗室的其他部分及動物房隔開。
4、緩衝間內必須配備洗手設施。 5、緩衝間內必須配備淋浴設施。
6、必須采用機械通風，以確保連續的氣流通過每個房間。室內空氣排出到室外前，必須經HEPA過濾，不得循環使用。係統的設計必須可以防止意外逆流及動物室內出現正壓。
7、在存在生物學危害的動物室內，必須在方便的位置安裝高壓滅菌器。感染性廢棄物在移至設施的其他區域前需高壓滅菌。
8、現場應當就近備有焚燒爐，或由主管部門另作安排。
9、感染危險度3級微生物的動物的飼養籠具，必須置於隔離器或在籠具後裝有通風係統排風口的房間中。
10、墊料應盡量無塵。 11、所有的防護服在洗燙前必須先清除汙染。
12、窗戶必須關閉、封嚴、抗破損。 13、工作人員應進行適當的免疫接種。
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