主要根據下列所需保護的類型來選擇適當的生物安全櫃：實驗對象保護；操作危險度1～4級微生物時的個體防護；暴露於放射性核素和揮發性有毒化學品時的個體防護；或上述各種防護的不同組合。
操作揮發性或有毒化學品時，不應該使用將空氣重新循環排入房間的生物安全櫃，即不與建築物排風係統相連接的Ⅰ級生物安全櫃，或Ⅱ級A1型及Ⅱ級A2型生物安全櫃。Ⅱ級B1型安全櫃可用於操作少量揮發性化學品和放射性核素。Ⅱ級B2型安全櫃也稱為全排放型安全櫃，在需要操作大量放射性核素和揮發性化學品時，必須使用這一類型的安全櫃。
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