mcrA 有利於甲基化DNA（如基因組）的有效轉化。
hsdR 有利於非甲基化DNA（如PCR擴增產物）的有效轉化。
acZΔM15 用於藍白斑篩選。
endA1 無Endonuclease I 酶活性，有利於質粒的純化。
recA1 減少克隆DNA的非特異性重組。
DeoR 可以高效吸收大片段DNA，有利於文庫的構建。
DE3 編碼T7 RNA聚合酶，用於誘導T7-啟動的表達係統的表達。
Tn10 含有四環素抗性的轉座子。
OmpT 表明大腸杆菌缺乏外膜蛋白酶。缺乏外膜蛋白酶的菌株可以降低表達的外源蛋白在細菌中被降解的程度，有利於獲得完整的重組蛋白。
ArgF 由於突變細菌不能利用arginine。
F’ 一個低拷貝可移動的質粒，當被M13噬菌體侵染時，可產生單鏈DNA。
LacI 編碼lac抑製子，用於藍白斑篩選時需加入IPTG，才可啟動表達β-gal。
dam/dcm 消除了內源腺苷和鳥苷的甲基化。在此種細菌中繁殖的DNA不被甲基化
PLys 含編碼T7溶菌酶的質粒；通過抑製T7 RNA聚合酶基礎表達水平來降低T7啟動的表達體係的基礎表達水平。
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