物品放置
Ⅱ級生物安全櫃前麵的進氣格柵不能被紙、儀器設備或其他物品阻擋。放入安全櫃內的物品應采用70%酒精來清除表麵汙染。可以在消毒劑浸濕的毛巾上進行實驗，以吸收可能濺出的液滴。所有物品應盡可能地放在工作台後部靠近工作台後緣的位置，並使其在操作中不會阻擋後部格柵。可產生氣溶膠的設備（例如混勻器、離心機等）應靠近安全櫃的後部放置。像有生物危害性的廢棄物袋、盛放廢棄吸管的盤子以及吸濾瓶等體積較大的物品，應該放在安全櫃內的某一側。在工作台麵上的實驗操作應該按照從清潔區到汙染區的方向進行。
耐高壓滅菌的生物危害性廢棄物袋以及吸管盛放盤不應放在安全櫃的外麵，否則在使用這些物品時雙臂就必須頻繁進出安全櫃，這樣會幹擾安全櫃空氣屏障的完整性，從而影響對人員和物品的防護。
操作和維護
大多數生物安全櫃的設計允許整天24 h工作。研究人員還發現，連續工作有助於控製實驗室中灰塵和顆粒的水平。向房間中排風或通過套管接口與專門的排風管相連接的Ⅱ級A1型及Ⅱ級A2型生物安全櫃，在不使用時是可以關閉的。其他如Ⅱ級B1型和Ⅱ級B2型生物安全櫃，是通過硬管安裝的，就必須始終保持空氣流動以維持房間空氣的平衡。在開始工作以前以及完成工作以後，應至少讓安全櫃工作5min來完成“淨化”的過程，亦即應留出將汙染的空氣排出安全櫃的時間。
生物安全櫃的所有維修工作應該由有資質的專業人員來進行。在生物安全櫃操作中出現的任何故障都應該報告，並應在再次使用之前進行維修。
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