建立 16 S r RNA 係統發育樹的意義
a）使生物進化的研究範圍真正覆蓋所有生物類群；
傳統的生物進化研究，主要基於複雜的形態學和化石記載，因此多限於研究後生生物（metazoa） ，而後者僅占整個生物進化曆程的 1/5
b）提出了一種全新的正確衡量生物間係統發育關係的方法；
c）對探索生命起源及原始生命的發育進程提供了線索和理論依據；
d）突破了細菌分類僅靠形態學和生理生化特性的限製，建立了全新的微生物分類、鑒定理論；
e）為微生物生物多樣性和微生物生態學研究建立了全新的研究理論和研究方法，特別是不經培養直接對生態環境中的微生物進行研究。
“Taxonomists' counts suggest that insects dominate the diversity game, but new analyses reveal that microbes are the real winners.”
核酸的堿基組成和分子雜交：
與形態及生理生化特性的比較不同，對 DNA的堿基組成的比較和進行核酸分子雜交是直接比較不同微生物之間基因組的差異，因此結果更加可信。
1. DNA的堿基組成(G+Cmol%)
DNA堿基因組成是各種生物一個穩定的特征，即使個別基因突變，堿基組成也不會發生明顯變化。
分類學上，用 G+C 占全部堿基的克分子百分數(G+Cmol%)來表示各類生物的 DNA堿基因組成特征。
1） 每個生物種都有特定的GC%範圍， 因此後者可以作為分類鑒定的指標。 細菌的GC%範圍為 2575%，變化範圍最大，因此更適合於細菌的分類鑒定。
2）GC%測定主要用於對表型特征難區分的細菌作出鑒定，並可檢驗表型特征分類的合理性， 從分子水平上判斷物種的親緣關係。
3）使用原則：
G+C 含量的比較主要用於分類鑒定中的否定每一種生物都有一定的堿基組成，親緣關係近的生物，它們應該具有相似的 G+C 含量，若不同生物之間 G+C 含量差別大表明它們關係遠。
但具有相似 G+C含量的生物並不一定表明它們之間具有近的親緣關係。
同一個種內的不同菌株 G+C 含量差別應在 4～5%以下；同屬不同種的差別應低於 10～15%。所以 G+C 含量已經作為建立新的微生物分類單元的一項基本特征，它對於種、屬甚至科的分類鑒定有重要意義。
若二個在形態及生理生化特性方麵及其相似的菌株， 如果其G+C含量的差別大於5%，則肯定不是同一個種，大於 15%則肯定不是同一個屬。
在疑難菌株鑒定、新種命名、建立一個新的分類單位時，G+C 含量是一項重要的，必不可少的鑒定指標。 其分類學意義主要是作為建立新分類單元的一項基本特征和把那些G+C 含量差別大的種類排除出某一分類單元。
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