微生物工業已經深入到國民經濟的各個部門，其產品大致可分為15 類：
（1）釀酒工業，如啤酒、白酒、葡萄酒、黃酒等；
（2）食品工業，如醬、醬油、食醋、酸奶、麵包等；
（3）有機溶劑發酵工業，如酒精、丙酮、甘油、丁醇等；
（4）抗生素發酵工業，如青黴素、鏈黴素、紅黴素、土黴素等；
（5）有機酸發酵工業，如檸檬酸、葡萄糖酸、蘋果酸等；
（6）酶製劑發酸工業，如澱粉酶、蛋白酶、脂肪酶等；
（7）氨基酸發酵工業，如穀氨酸、賴氨酸、亮氨酸等；
( 8 ）維生素發酵工業，如維生素B2 、維生素B12 等；
( 9 ）核苷酸類物質發酵工業，如肌苷酸、肌苷等；
( 10 ）生理活性物質發酵工業，如激素、赤黴素等；
( 11 ）名貴醫藥產品發酵工業，如幹擾素、白介素等；
( 12 ）微生物菌體蛋白發酵工業，如酵母、單細胞蛋白等；
( 13 ）微生物環境淨化工業，如微生物處理廢水、汙水等；
( 14 ）微生物冶金工業，如利用微生物探礦、冶金、石油脫硫等；
( 15 ）生物能源工業，如纖維素、沼氣等天然原料發酵生產酒精、乙烯等
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