同一種消毒劑的濃度不同，其消毒效果也不一樣。大多數消毒劑在高濃度時起殺菌作用，低濃度時則隻有抑菌作用。在一定濃度下，消毒劑對某種細菌的作用時間越長，其效果也越強。若溫度升高，則化學物質的活化分子增多，分子運動速度增加使化學反應加速，消毒所需要的時間可以縮短。
（2）微生物的汙染程度微生物汙染程度越嚴重，消毒就越困難，因為微生物彼此重疊，加強了機械保護作用。所以在處理汙染嚴重的物品時，必須加大消毒劑濃度，或延長消毒作用的時間。
（3）微生物的種類和生活狀態不同的細菌對消毒劑的抵抗力不同，細菌芽胞的抵抗力最強，幼齡菌比老齡菌敏感。
（4）環境因素當細菌和有機物特別是蛋白質混在一起時，某些消毒劑的殺菌效果可受到明顯影響。因此在消毒皮膚及器械前應先清潔再消毒。
（5）溫度、濕度、酸堿度消毒速度一般隨溫度的升高而加快，所以溫度越高消毒效果越好。濕度對許多氣體消毒劑有影響。酸堿度的變化可影響劑殺滅微生物的作用。例如，季胺鹽類化合物的戊二醛藥物在堿性環境中殺滅微生物效果較好；酚類和次氯酸鹽藥劑則在酸性條件下殺滅微生物的作用較強。
（6）化學拮抗物陰離子表麵活性劑可降低季胺鹽類和洗比泰的消毒作用，因此不能將新潔爾滅等消毒劑與肥皂、陰離子洗滌劑合用。次氯酸鹽和過氧乙酸會被硫代硫酸鈉中和，金屬離子的存在對消毒效果也有一定影響，可降低或增加消毒作用。
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