所有鹵素均有顯著殺菌力，其殺菌力的順序為F < Cl < Br > I。
1.氟
氫氟酸比鹽酸具有更強的殺菌力。對真菌及炭疽杆菌芽孢的殺滅作用顯著，在實驗室中有時用於預防培養基中黴菌的生長。
2 ．溴
純品在相當高的稀釋後，仍然是活潑的殺菌劑，有時用於遊泳池的消毒。
3.碘
碘在水中的溶解度很小而且有揮發性，但與碘化鉀結合後，便形成可溶性為KI3。所以在製備碘溶液時要加入較大量的碘化鉀，既可增加碘的溶解度，又能減低其揮發性。此溶液可用作皮膚消毒劑；碘甘油溶液可用於粘膜的消毒碘也可用於飲水的消毒，0.2 ppm 的碘，作用60 分鍾可以殺死水中95-97％大腸杆菌；2-5 ppm則作用更強。1%碘酒10 分鍾內可殺死細菌芽孢和一般真菌，使流感病毒滅活。炭疽杆菌芽孢對碘的敏感度反要比其繁殖體高2 - 8 倍。故殺滅炭疽杆菌芽孢最好使用碘榕濃。碘溶液不宜與紅汞同時使用。
4.氯
通常以溶液狀態加入水中，一般常用0.2 ～0.5ppm，作飲水或遊泳池水消毒。有機物的存在能顯著降低氯的作用。
氯的殺菌作用主要是能抑製各種帶-SH 基的酶類或其他對氧化作用敏感的酶類。醛縮合酶對氯特別敏感。
次亞氯酸是較有效的殺菌劑，可用於公共飲食用具的消毒。含氯的50ppm可以殺死一般細菌；200 ppm在
次亞氯酸的鈣鹽通稱漂白粉。漂白粉是由一些成分複雜的化合物以不同的比例組成的。漂白粉有嗜水性，能由空氣中吸水而變成鹽，消失其所含氯氣，所以要密封保存。其0.5-1%水溶液於5 分鍾內可殺死大多數細菌；5%的水溶液於1 小時內可殺死細菌芽孢；0.2%漂白粉精溶液噴霧5 分鍾能將空氣中的流感病毒全部殺死，並可維持其消毒作用半小時。
含氯有機化合物，如氯能與酰胺類，有機化合物作用而生成氯胺類。常用的氯胺和雙氯胺由於有-NCl基而有強大殺菌能力。它們與細菌蛋白質相遇後，將氯緩緩放出。殺菌效力較次亞氯酸持久，而且不受有機物的影響。0.5%氯按1 分鍾可殺死大腸杆菌，30分鍾可殺死金黃色葡萄球菌，10%溶液2 小時可殺死炭疽杆菌芽孢；3%溶液可用於消毒空氣和其他一般物品。
