在水生微生物的研究中無論是試圖了解水環境中微生物的數量及其變化規律，還是調查其種類組成或分離某種微生物，首先遇到的問題是在什麽時間，什麽地點和用什麽樣的設備與方法進行取樣。
水生微生物棲息的場所大致可分為水與沉積物兩處，由於水和沉積物的物理化學及生物學的環境條件顯著不同，在其中生存的微生物種類、數量和活性等也有很大的差異。例如，同樣是海水而外洋水、沿岸水和不受海流影響的水域，由於受汙染的程度、有機物含量、潮汐變化和水深等因素的不同，使其所含的微生物的種群組成及其功能也就有明顯的差異。水底沉積物中微生物的情況也是如此。所以，無論是粗略地調查微生物種群的生態分布，還是結合實驗結果來推側水中微生物可能進行的活動，都必須正確掌握現場的各種因素。對水生微生物進行調查研究時一般必須了解水的溫度、透明度、pH ，鹽度、深度、溶解氧、可溶性有機碳，銨態氮，亞硝態氮、硝態氮，磷酸、懸浮有機絡合物、藻類及其光合作用活性和其他浮遊生物等狀況；而對水底沉積物中微生物的調查還要增加底質、泥溫、硫化氫、各種金屬的濃度以及氧化還原電位等項目。這些環境因素的調查方法在有關水質調查方法的著作中都有詳細的論述。另外，近年來還生產有各種水質快速連續測定儀，如溫鹽連續測定器，葉綠素濁度連續側定儀等，都可供微生物調查取樣時使用。
一、取樣前的準備
（一）儀器準備
在取樣前必須根據調查計劃所規定的調查站數及采樣數量做好采樣瓶、采水球、移液管、培養皿、水樣引出管、水樣貯存瓶、過濾器等器具的消毒和滅菌工作。所有的消毒器具應以隻能使用一次的原則按所需要的數量備齊。有些器具的數量要比原計劃需要量多20-30%，以備用。玻璃器皿用高壓蒸氣滅菌法滅菌，橡皮球用化學法消毒。消毒滅菌後各種器具要求包裝嚴密，不得中途汙染。
（二）性能檢查
采樣出發前要對各種采集儀器、設備進行一次全麵的性能檢查。例如，檢查真空泵能否正常抽氣。采水瓶（球）有無破痕、瓶塞（球塞）是否緊密等。上船後還要做好固定儀器的工作，特別是電爐、酒精燈、抽濾瓶及真空抽氣泵等要固定牢。
（三）配製各種培養基和試劑
取樣前應配製好所需的各種培養基、染色液、稀釋液、試劑，並用水浴鍋把固體培養基溶化後存放在
（四）取樣前的現場記錄
到達采集地點時，首先要核實所在站位的實際位置和水深，以便決定取樣層次和數量．將各種現場環境因素（物理化學因素和周圍情況）、站位、站號、日期、時間、水層、瓶號填入記錄表相應欄，並簽上采集者姓名，隨同樣品帶回實驗室。
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