（一）按研究微生物的基本生命活動規律為目的來分
總學科可稱為普通微生物學（GeneralMicrobiology）或微生物生物學（BiologyofMicroorganisms），其分支學科主要有：微生物形態學，微生物分類學，微生物生理學，微生物生物化學，微生物遺傳學，微生物生態學以及分子微生物學等。
（二）按微生物的應用領域來分
其總學科可稱應用微生物學（AppliedMicrobiology），其分支學科有：工業微生物學，農業微生物學，植物病理學，醫學微生物學，藥用微生物學，獸醫微生物學，抗生素，食品微生物學，釀造學以及乳品微生物學等。
（三）按所研究的微生物的對象來分
例如：細菌學，真菌學，病毒學，噬菌體學，原生動物學，藻類學，支原體學，自養菌生物學以及厭氧菌生物學等。
（四）按微生物所在的生態環境來分
例如：土壤微生物學，海洋微生物學，環境微生物學，宇宙微生物學以及水微生物學等。
（五）按實驗技術操作來分。例如：實驗微生物學等。
（六）按微生物學與其他學科間的交叉情況來分這是一類具有旺盛“雜種優勢”的新興邊緣學科，具有強大的生命力。例如分析微生物學，化學微生物學，微生物化學分類學（MicrobialChemotaxonomy），微生物數值分類學（MicrobialNumericalTaxonomy）以及微生物地球化學等。
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