食品在生產加工、運輸、貯藏、銷售以及食用過程中都可能遭受到微生物的汙染，其汙染的途徑可分為兩大類。
凡是作為食品原料的動植物體在生活過程中，由於本身帶有的微生物而造成食品的汙染稱為內源性汙染，也稱第一次汙染。如畜禽在生活期間，其消化道、上呼吸道和體表總是存在一定類群和數量的微生物。當受到沙門氏菌、布氏杆菌、炭疽杆菌等病原微生物感染時，畜禽的某些器官和組織內就會有病原微生物的存在。當家禽感染了雞白痢、雞傷寒等傳染病，病原微生物可通過血液循環侵入卵巢，在蛋黃形成時被病原菌汙染，使所產卵中也含有相應的病原菌。
食品在生產加工、運輸、貯藏、銷售、食用過程中，通過水、空氣、人、動物、機械設備及用具等而使食品發生微生物汙染稱外源性汙染，也稱第二次汙染。
在食品的生產加工過程中，水既是許多食品的原料或配料成分，也是清洗、冷卻、冰凍不可缺少的物質，設備、地麵及用具的清洗也需要大量用水。各種天然水源包括地表水和地下水，不僅是微生物的汙染源，也是微生物汙染食品的主要途徑。自來水是天然水淨化消毒後而供飲用的，在正常情況下含菌較少，但如果自來水管出現漏洞、管道中壓力不足以及暫時變成負壓時，則會引起管道周圍環境中的微生物滲漏進入管道，使自來水中的微生物數量增加。在生產中，既使使用符合衛生標準的水源，由於方法不當也會導致微生物的汙染範圍擴大。如在屠宰加工場中的宰殺、除毛、開膛取內髒的工序中，皮毛或腸道內的微生物可通過用水的散布而造成畜體之間的相互感染。生產中所使用的水如果被生活汙水、醫院汙水或廁所糞便汙染，就會使水中微生物數量驟增，水中不僅會含有細菌、病毒、真菌、鉤端螺旋體，還可能會含有寄生蟲。用這種水進行食品生產會造成嚴重的微生物汙染，同時還可能造成其他有毒物質對食品的汙染，所以水的衛生質量與食品的衛生質量有密切關係。食品生產用水必須符合飲用水標準，采用自來水或深井水。循環使用的冷卻水要防止被畜禽糞便及下腳料汙染。
空氣中的微生物可能來自土壤、水、人及動植物的脫落物和呼吸道、消化道的排泄物，它們可隨著灰塵、水滴的飛揚或沉降而汙染食品。人體的痰沫、鼻涕與唾液的小水滴中所含有的微生物包括病原微生物，當有人講話、咳嗽或打噴嚏時均可直接或間接汙染食品。人在講話或打噴嚏時，距人體
從事食品生產的人員，如果他們的身體、衣帽不經常清洗，不保持清潔，就會有大量的微生物附著其上，通過皮膚、毛發、衣帽與食品接觸而造成汙染。在食品的加工、運輸、貯藏及銷售過程中，如果被鼠、蠅、蟑螂等直接或間接接觸，同樣會造成食品的微生物汙染。試驗證明，每隻蒼蠅帶有數百萬個細菌，80%的蒼蠅腸道中帶有痢疾杆菌，鼠類糞便中帶有沙門氏菌、鉤端螺旋體等病原微生物。
在食品的生產加工、運輸、貯藏過程中所使用的各種機械設備及包裝材料，在未經消毒或滅菌前，總是會帶有不同數量的微生物而成為微生物汙染食品的途徑。在食品生產過程中，通過不經消毒滅菌的設備越多，造成微生物汙染的機會也越多。已經過消毒滅菌的食品，如果使用的包裝材料未經過無菌處理，則會造成食品的重新汙染。
1.3 食品中微生物的消長
食品受到微生物的汙染後，其中的微生物種類和數量會隨著食品所處環境和食品性質的變化而不斷地變化。這種變化所表現的主要特征就是食品中微生物出現的數量增多或減少，即稱為食品微生物的消長。食品中微生物的消長通常有以下規律及特點。
食品加工前，無論是動物性原料還是植物性原料都已經不同程度地被微生物汙染，加之運輸、貯藏等環節，微生物汙染食品的機會進一步增加，因而使食品原料中的微生物數量不斷增多。雖然有些種類的微生物汙染食品後因環境不適而死亡，但是從存活的微生物總數看，一般不表現減少而隻有增加。這一微生物消長特點在新鮮魚肉類和果蔬類食品原料中表現明顯，即使食品原料在加工前的運輸和貯藏等環節中曾采取了較嚴格的衛生措施，但早在原料產地已汙染而存在的微生物，如果不經過一定的滅菌處理它們仍會存在。
在食品加工的整個過程中，有些處理工藝如清洗、加熱消毒或滅菌對微生物的生存是不利的。這些處理措施可使食品中的微生物數量明顯下降，甚至可使微生物幾乎完全消除。但如果原料中微生物汙染嚴重，則會降低加工過程中微生物的下降率。在食品加工過程中的許多環節也可能發生微生物的二次汙染。在生產條件良好和生產工藝合理的情況下，汙染較少，故食品中所含有的微生物總數不會明顯增多；如果殘留在食品中的微生物在加工過程中有繁殖的機會，則食品中的微生物數量就會出現驟然上升的現象。
經過加工製成的食品，由於其中還殘存有微生物或再次被微生物汙染，在貯藏過程中如果條件適宜，微生物就會生長繁殖而使食品變質。在這一過程中，微生物的數量會迅速上升，當數量上升到一定程度時不再繼續上升，相反活菌數會逐漸下降。這是由於微生物所需營養物質的大量消耗，使變質後的食品不利於該微生物繼續生長，而逐漸死亡，此時食品不能食用。如果已變質的食品中還有其他種類的微生物存在，並能適應變質食品的基質條件而得到生長繁殖的機會，這時就會出現微生物數量再度升高的現象。加工製成的食品如果不再受汙染，同時殘存的微生物又處於不適宜生長繁殖的條件，那麽隨著貯藏日期的延長，微生物數量就會日趨減少。
由於食品的種類繁多，加工工藝及方法和貯藏條件不盡相同，致使微生物在不同食品中呈現的消長情況也不可能完全相同。充分掌握各種食品中微生物消長規律的特點，對於指導食品的生產具有重要的意義。
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