對超高溫殺菌有蒸煮味的物料可采用高溫短時殺菌，在溫度為70
由於物料粘度、PH值、熱敏性、易氧化性等特殊性，使得殺菌方法和設備也各有差別。PH值大小往往決定了物料殺菌時的溫度和時間，PH值的高低取決於食品中酸性物質的多少，分離程度如何等。低酸性食品PH值大於4.6，可以為致病微生物提供理想的生長條件，腐敗微生物也可良好地生長，一般采用超高溫瞬時殺菌；酸性食品的PH值在3.7-4.6之間，它其中的致病菌不易生長，但腐敗菌可以生長，一般采用超高溫瞬時殺菌或高溫短時殺菌，對低酸性食品可通過加酸或發酵的方法使之轉化為酸性食品，從而降低殺菌要求，提高貨架壽命，此法用於處理食品中的番茄汗、乳酪等。高酸性食品的PH值小於3.7，在此酸度下致病菌無法生長，腐敗菌也無法生長，因此殺菌並不是需要特別注意的問題，保持品質成為首要目的。一般采用巴氏殺菌就可滿足要求，即在
物料的冷殺菌方法是指根據不同場合各種殺菌劑或紫外線殺菌、輻射殺菌、微波照射殺菌等以達到殺菌目的。利用微波殺菌的效果在醬油、啤酒、牛乳等方麵已得到較好驗證，隻是用於大規模生產的部分技術難題尚未解決。
3 包裝環境的無菌 無菌包裝係統主要分為兩大類係統，敞開式無菌包裝係統和封閉式無菌包裝係統。它們之間最大的區別是封閉式無菌包裝係統比敞開式無菌包裝係統多了無菌室；包裝材料要在無菌室內殺菌、成形、灌裝。由於無菌室一直通有無菌氣體保持其正壓，所以無菌室能有效防止微生物的汙染，因此在生產中應用廣泛。
無菌包裝環境首先要確保的是設備無菌，主要殺菌方法有加熱法和化學法。
對敞開式無菌包裝機而言，在無菌充填之前，包裝機內與產品接觸的表麵必須經過殺菌。其殺菌是通過包裝機自身產生的無菌熱空氣（或無菌熱蒸汽）來實現的。在殺菌過程中，無菌熱空氣直接接觸包裝機與產品接觸的表麵進行殺菌。
封閉式無菌包裝機的殺菌隻通過無菌熱空氣是不夠的，還要保證封閉空間的無菌，即無菌室的殺菌。生產前，無菌室一般用雙氧水噴霧和無菌空氣的幹燥來實現，無菌空氣是通過包裝機內的無菌空氣加熱器將其加熱至一定溫度所得到的；殺菌時，液態雙氧水噴射至無菌熱空氣中並瞬時蒸發，這樣無菌空氣和雙氧水氣體的混合物進入無菌室進行殺菌，冷凝在內表麵的雙氧水通過無菌熱空氣進行幹燥，從而完成無菌室的殺菌。
作為環境的殺菌一般采用洗滌、加熱、藥物和紫外線照射等措施，對與食品相接觸的裝置和整個容器表麵進行殺菌處理，空間環境則多采用藥物殺菌，整個包裝係統無菌狀態的維持則靠進入無菌空氣並使整個係統保持一定的正壓，以阻止外部空氣中微生物侵入。
設備停機時微生物會繁殖，可能導致大量微生物不能充分殺死。因此設備在清洗後應盡量抽幹，以便沒有水或溶液殘留。
4 包裝封口 包裝封口對無菌包裝來說是最後一個環節，也是關鍵的一個環節，其直接影響產品的包裝品質和儲存期。其要求是一方麵能防止微生物和氣體或水蒸汽侵入，另一方麵是不能讓產品自身的氣味和原液溢出。
多數無菌包裝封口采用熱封、超聲波或膠片、氣封，有些用折疊、項合封口，封口時注意壓力應均勻分布於密封表麵；封口過程的條件如封口溫度、時間、壓力必須有安全界限，並能控製；封口表麵應避免產品或其它汙物汙染；封口位置必須準確，特別是熱成型/灌裝/封口同機進行情況下，更應防止封口位置發生偏差。
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