一級汙染：化妝品中的微生物可源於原料本身，亦可在生產過程中被汙染。因此原材料本身的理化性質、含水量、生產環境和設備衛生狀況、生產工人的健康狀況等均與化妝品產品的衛生質量有關。
化妝品生產過程中使用的原料、容器和製作過程中均可受微生物汙染，尤其在冷卻灌裝過程更易受汙染。化妝品各種原料都有被微生物汙染的可能，其中尤以天然動植物成分、礦產粉劑、色素、離子交換水等原料易受微生物汙染。某些劑型化妝品富含水分和營養成分，如膏霜類化妝品多屬“營養型”，其中因加入各種氨基酸，蛋白質或滋補品（胎盤提取液、人參、甘草提取液等）成分而有利於微生物生長繁殖。醫學教|育網搜集整理近年來，生物製品中的活性物質在化妝品中的應用日趨廣泛，不少功能性化妝品如高保濕、抗衰老、美白、祛斑等均通過添加生物活性物質或天然動植物提取物而達到功效。而這類物質又都是有利於微生物生長的營養物質，因此控製化妝品微生物汙染問題是確保化妝品質量和安全的關鍵之一。
二級汙染：是化妝品啟封後，使用或存放過程中發生的汙染，包括手部接觸化妝品後將微生物帶入，空氣中的微生物落入而被汙染。一些美容美發店的化妝品是共用的，更可造成交叉感染。盡管化妝品中的防腐劑可抑製微生物的繁殖，但其作用有限。因此防止化妝品的二級汙染對於預防化妝品的不良反應同樣有著重要的意義
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