一) 汙染低酸性罐頭的主要微生物
1、嗜熱性細菌 通常有平酸腐敗細菌(平酸菌)、嗜熱性厭氧芽胞菌等。
(1)平酸菌：在43℃以上貯存的低酸性罐頭食品，可因其內殘留的對熱有很強抵抗力的嗜熱性需氧芽胞菌的生長，而使罐頭內容物變酸，使罐頭失去食用價值。
由於這類細菌在罐頭內活動時，罐聽不發生膨脹，而內容物的pH值顯著偏低之故，因而這種變質通常稱為平蓋酸敗，引起平蓋酸敗的原因菌統稱為平酸菌，即能使某些低酸性罐頭食品發生酸敗而又能形成芽胞的一類需氧乃至兼性厭氧的細菌。
(2)嗜熱性厭氧芽胞菌：在43℃以上貯存的低酸性罐頭食品，也可因殘留的嗜熱性厭氧芽胞菌的生長而引起罐頭食品變質，這種變質由於原因菌的不同可分為以下兩種類型：
A、產氣型變質 (胖聽)：由嗜熱解糖梭菌所引起。
B、黑變：由致黑梭菌引起。能分解蛋白質產生硫化氫，硫化氫與罐頭容器的馬口鐵化合生成黑色的硫化物，使食品變黑。罐聽不發生膨脹。
2、中溫性厭氧細菌 中溫性厭氧細菌引起腐敗變質，罐聽膨脹，內容物有腐敗臭味。
1)、分解蛋白質能力強的：主要有肉毒梭菌、生胞梭茵、雙酶梭菌、腐化梭菌等。
2)分解糖類的：丁酸梭菌、巴氏芽胞梭菌、魏氏梭菌等。
肉毒梭菌尤為重要，肉毒梭菌分解蛋白質產生硫化氫、氨、糞臭素等導致胖聽，內容物呈現腐爛性敗壞，並有毒素產生和惡臭味放出。
3、中溫性需氧菌 這類細菌屬芽胞杆菌屬。
常見：枯草芽胞杆菌、巨大芽胞杆菌和蠟樣芽胞杆菌等。
4、不產芽胞的細菌 有兩大類群：
1)腸道細菌：如大腸杆菌，它們在罐內生長可造成胖聽；
2)鏈球菌/腸球菌
特別是嗜熱鏈球菌和糞腸球菌等，這些細菌的抗熱能力很強。多見於蔬菜、水果罐頭中，它們生長繁殖會產酸並產生氣體，造成胖聽。在火腿罐頭中常可檢出腸球菌。
5、酵母菌及黴菌
酵母菌汙染低酸性罐頭的情況較少見，僅偶爾出現於甜煉乳罐頭中。
二) 汙染酸性罐頭的主要微生物
1、產芽胞的細菌
凝結芽胞杆菌是酸性罐頭食品中常見的平酸菌，常在蕃茄汁罐頭中出現。丁酸梭菌和巴氏芽胞梭菌可使產品帶有酸臭氣味。多粘芽胞杆菌、浸麻芽胞杆菌也可引起水果罐頭產酸產氣。
2、不產生芽胞的細菌
這類細菌主要是乳酸菌，如乳酸杆菌和明串珠菌，它可引起水果及水果製品的酸敗；又如乳酸杆菌的異型發酵菌種可造成蕃茄製品的酸敗和水果罐頭的產氣性敗壞。
3、抗熱性黴菌及酵母菌
常見的黃色絲衣黴菌，可使水果柔化和解體，它能分解糖產生二氧化碳並造成水果罐頭胖聽；其次是白色絲衣黴菌，也可使罐頭敗壞。
抗熱性黴菌引起罐頭食品的變質，可通過黴臭味、食品褪色或組織結構改變、內容物中有黴菌菌絲以及有時出現罐蓋的輕度膨脹得到證實。，
其它黴菌如青黴、曲黴等也可造成果醬、糖水水果罐頭敗壞。酵母菌的抗熱能力很低，除了殺菌不足或發生漏罐外，罐頭食品通過正常的殺菌處理，通常不會發生酵母菌汙染。
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