1）前增菌。使受傷菌得到修複。一般鎂離子和0.1%蛋白腖水。有氧代謝時還加0.2%的丙酮酸鈉。增菌時間因菌而異。
2）增菌。加入適當選擇劑和刺激目的菌生長的物質，並使目的菌生長適合的溫度、酸堿度、滲透壓、氧化還原電位調節劑，使雜菌得到抑製，目的菌得到充分增殖，成為優勢菌。以下是沙門氏菌檢驗中使用不同選擇劑獲得的選擇效果。
3）使用一種或兩、三種選擇強度不同的選擇性平板分離目的菌。
4）對選擇性平板上挑選的可凝菌落最好在選擇性平板或非選擇性平板上進行劃線分離純化。
5）對選擇性平板上挑選的可凝菌落進行生理特性和生化特征鑒定，同時進行血清學鑒定。有時先進行血清學鑒定後再進行生化鑒定，以加快檢驗速度。必要時進行動物試驗，以確認致病菌。
由於目的菌的性狀有可能因噬菌體感染等原因發生變異，加上有一些細菌雖然存在，但尚未被發現和確認，因此在進行致病菌鑒定時要盡可能多做幾項生化試驗。
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