1）花生。因為黃曲黴是花生殼上最常見的真菌，所以在黴變的花生上總是能夠檢測出黃曲黴毒素；而且由花生製成的食品，如花生油或花生醬中也常含有黃曲黴毒素。與花生相似的還有開心果；另外一些堅果，如核桃、榛子或椰仁則受黃曲黴毒素的危害較輕。
2）糧食。許多真菌毒素，如玉米赤黴烯酮、單端孢黴素類、赭曲黴毒素Ａ和黃曲黴毒素能在糧食中產生。在收獲以前鐮刀菌就已經侵入了穀粒，侵害的程度和毒素產生的範圍主要受植物栽培的措施和氣候影響。如過多地施加氮肥會促使真菌的散布和繁殖。因為田間真菌，如鐮刀菌生長的基質必須含有很高的水分，因此在糧食收割後，主要在溫暖的地區，穀粒中的水分相應地散失，便會使鐮刀孢菌的生長減慢，但是這時青黴屬和曲黴屬便會出現在糧食中，這些黴菌能在小麥、大麥、玉米和大米等糧食中產生黃曲黴毒素。
3）烘烤食品（麵包）。真菌毒素能通過由黴變的糧食磨成的麵粉進入麵包，不過常見的是發黴的麵包中產生真菌毒素。麵包烘烤之後在晾涼、儲存、切割和包裝的過程中，由於麵包房中的空氣內含有大量的真菌，也容易被汙染。在麵包上常見的能產生毒素的真菌是黃曲黴（黃曲黴毒素）、赭曲黴（赭曲黴毒素Ａ）、擴張青黴（展青黴素）、和雜色曲黴（雜色曲黴素）。在黑麥麵包中隻發現有黃曲黴生長，但無毒素形成。
4）水果和果汁。在酸性水果和水果製品中能形成的真菌毒素是展青黴素和由絲衣黴分泌的絲衣黴酸。這些真菌在水果（蘋果、梨、桃、杏、葡萄、菠蘿和檸檬等）表麵長成棕色斑點。氧濃度稍微減少（2—5%）而二氧化碳稍有增加（2—3%）的冷藏庫中，真菌的繁殖和展青黴素的生成明顯減少，但能生成展青黴素的絲衣黴卻不受這種倉儲條件的影響。
展青黴素在酸性環境中非常穩定，巴氏消毒時用高達80℃的溫度都不會使它失活，如果用腐爛的水果進行加工，就可能存在展青黴素。另外，絲衣黴屬的某些菌株的子囊孢子的抵抗力特別強，巴氏消毒時用高達85℃的溫度也隻能使少量的毒素失活，存活的毒素可能引起果汁變質。
在衛生條件欠佳的環境中晾幹和儲放水果，特別容易被真菌汙染。例如幹無花果就常含有黃曲黴毒素。
5）蔬菜。在室溫下，真菌在辣椒、西紅柿、黃瓜、胡蘿卜等蔬菜上生長時能產生展青黴素。由於肉眼很容易發現這種黴變現象，消費者不會購買或食用它們，所以由此引起中毒的可能性極小。
6）果醬類和蜂蜜。在含糖量達到重量的50—60%的未經處理的蜂蜜和果醬中不會產生真菌毒素。因此，按照傳統配方的果醬（果實和糖各占一半）與含糖量低的產品相比，更能抵抗真菌毒素的汙染。
7）啤酒和葡萄酒。赭曲黴毒素Ａ、黃曲黴毒素、橘青黴素等其它的真菌毒素通常在發酵過程中會被滅活，在葡萄汁和蘋果汁發酵過程中展青黴素也會被破壞。
8）釀造食品。通過我國科學工作者多年的監測，作為接種物用於製造某些釀造食品的曲黴菌，如米曲黴和醬油曲黴（A. sojae）不會產生真菌毒素。某些菌株，在生活史的某個階段可能會在培養液中產生曲黴酸、圓弧偶氮酸、曲酸和β-硝基丙酸。然而已經明確，這些毒素在發酵過程中不會產生或產生得極少。某些用來製造這類產品的毛黴科的黴菌卻有產生毒素的能力，不過至今幾乎未被檢測過。
9）奶。含有黃曲黴毒素Ｂ1的飼料（黴變的青飼料，含有毒素的花生渣或花生粉）被動物攝入後，黃曲黴毒素Ｂ1在牛的肝內被羥基化為黃曲黴毒素Ｍ1，主要從尿中排出，從乳汁中排泄的量很少。
10）奶酪。由於使用了含毒素的牛奶，也可能由於本身的黴變，奶酪也可能帶有黃曲黴毒素。奶酪是真菌生長和黃曲黴生長的最理想的基質。在肉眼幾乎不能觀察到真菌生長時，奶酪就可能已經含有毒素，而且其含量可能會威脅人體的健康。
用黴菌催熟的奶酪比其它種類奶酪受到黃曲黴毒素危害的可能性更小。這是因為在成熟過程中，黃曲黴被接種的青黴菌壓製而不能生長。
11）肉和肉製品。含有毒素的飼料被動物攝入後，真菌便進入肉中和特定的器官（肝髒）或脂肪組織內，並被儲存起來。在用黴變的穀物配製的飼料中可能含有Ｔ-2毒素、赭曲黴毒素Ａ（引起豬的腎病）、黃曲黴毒素或玉米赤黴烯酮等。
另一種可能的危害是肉製品的黴變和特製的發黴的肉製品，主要是某些種類的青黴引起的。由於在長期發酵成熟過程中，產品中水分的喪失，某些曲黴菌的種類也會參與肉製品的腐敗，這些菌株會產生黃曲黴毒素、橘青黴素、赭曲黴素Ａ、黃綠青黴素、雜曲黴素。因此，在生產必須經黴菌發酵的生火腿或生香腸時，必須采用經過鑒定的不產生毒素的菌株。因為毒素往往位於表層，所以當攝入這部分自然黴變的肉製品時，則可能損害人體健康。
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