標本采集的基本原則：盡早采集、根據可疑的病原體，選擇不同采集時機和標本種類、在抗生素應用前采集、遵守無菌操作、正確保存和運送。容器應密封不易碎，標本不得汙染容器的口和外壁。
1.血液標本
正常人的血液是無菌的。當細菌侵入時可引起嚴重的菌血症或敗血症。
一般情況下在患者發熱初期或發熱高峰時采集；持續性菌血症可隨時采集；間歇性菌血症，應預測其體溫上升期進行采血。一般在使用抗生素前采集2~3次；多部位采集，如兩側肘靜脈或動、靜脈同時采取；對於已使用抗生素而無法停止的患者，也應在下次用藥前采取。在感染局部的附近血管中采血，可提高陽性率。采血量成人一般5~10ml，嬰幼兒1~2ml。
采集的血液標本注入培養瓶中先進行增菌培養，培養基和血液標本量的比例應>10：1，將血液中的各類殺（抑）菌物質充分稀釋。需氧菌常用培養基有胰酪蛋白大豆腖肉湯和葡萄糖酚紅肉湯等，常加入對氨基苯甲酸（PABA）50μg/ml中和磺胺類，青黴素酶2單位/ml破壞青黴素類，硫酸鎂中和鏈黴素、四環素、土黴素、金黴素、新黴素及多粘菌素等抗生素。加入0.03~0.05%的聚茴香磺酸鈉（sodium polyanethol sulfonate, SPS）可抑製血清中的抗菌物質，並對氨基糖苷類和多肽類抗生素有滅活效果。並加入Ⅹ、Ⅴ因子等生長因子。
培養瓶每天觀察一次。如發現①培養瓶內液體渾濁；②血球層上麵出現顆粒狀的生長物，並且有自下而上的溶血；③有明顯的凝塊；④液體表麵有菌膜，培養液清晰或渾濁等，表明有細菌生長。直接進行塗片染色初步報告。同時分別接種血平板、巧克力（色）平板，普通培養和5%CO2 35℃培養。也可直接進行體外藥敏試驗。無細菌生長跡象的培養瓶孵育至第7d，接種血平板、巧克力（色）平板，分別進行普通培養和5%CO2環境35℃孵育24h。為了提高檢出的速度，在培養的第2~3d時應移種一次。
有厭氧菌感染時，同時注入需氧瓶和厭氧瓶，厭氧培養基通常用硫乙醇酸鹽培養基、牛心腦浸液肉湯等；培養液中有刃天青，無氧時無色，有氧時呈紅色。需氧瓶和厭氧瓶同時渾濁，或需氧瓶無生長而厭氧瓶液體渾濁，提示厭氧菌生長。分別接種血平板和厭氧血平板，置需氧和厭氧環境中，如果都隻生長1種細菌，則為兼性厭氧菌；如果僅在厭氧環境中生長，可以直接報告“有厭氧菌檢出”。
若長期應用抗細胞壁類抗生素，應考慮細菌L型存在，將血液接種高滲培養基中，分別進行需氧、厭氧和5%CO2環境培養。每周移種2~3次於高滲固體培養基上，觀察有無細菌L型菌落生長。
2.呼吸道標本
正常上呼吸道有正常菌群。下呼吸道正常情況下無細菌或僅有少量細菌侵入
咽拭子直接塗片檢查 懷疑白喉的標本，應立即進行塗片革蘭染色和異染顆粒染色。如發現有呈Y、V、T等排列的棒狀杆菌，有異染顆粒時可報告“找到有異染顆粒的革蘭陽性杆菌”。也可用特異性的熒光染色法檢查A群溶血性鏈球菌和百日咳鮑特菌。
培養檢查 接種血平板，觀察細菌的生長情況。有無特別的菌落生長，如為上呼吸道的正常菌群，比例大致正常，則報告“未檢出致病菌”；如果某一種菌群明顯占多數或接近純培養，應考慮該菌與疾病有關，鑒定後報告。
呼吸道標本特殊菌的培養 百日咳鮑特菌接種在鮑-金（Border-Gengou）平板；白喉棒狀杆菌接種呂氏血清斜麵或雞蛋培養基，同時接種亞碲酸鉀血平板；腦膜炎奈瑟菌帶菌者的鼻咽拭子35℃保溫運送，盡快接種在35℃預溫的卵黃雙抗平板上，置3~5%CO2環境中35℃孵育24h。流感嗜血杆菌用巧克力平板或選擇性平板。化膿性A群鏈球菌的接種血平板，在接種原始區貼一張0.04U的杆菌肽紙片作為A群鏈球菌存在的指示。
痰液標本，采集晨痰為好。觀察標本的性狀，選取膿血性的部分，如發現有顆粒、菌塊及幹酪樣物，可能是放線菌或真菌感染。有異常惡臭，與厭氧菌有關。
直接塗片染色檢查發現，以柱狀上皮細胞為主，有中性白細胞及細菌，則可根據形態和染色性直接報告，並且作為分離細菌時選擇培養基的依據。如果以鱗狀上皮細胞為主，很少發現白細胞，則為不合格標本。如有顆粒、菌塊及幹酪樣物也應進行塗片檢查，發現具有典型的真菌或放線菌樣的菌落特點，可直接報告“找到真菌（放線菌）”。
痰液標本在分離接種前一般進行前處理，方法有均質化和洗淨法。痰液標本至少同時接種血平板、巧克力平板和EMB（或Mac Conkey平板）。
3.尿液標本
正常人的尿液是無菌的，女性月經期間容易汙染，不宜采集。
尿液的采集方法有：中段尿采集法、腎盂尿采集法、膀胱穿刺法，膀胱穿刺法一般用於厭氧菌培養的標本采集或不能正確留取中段尿而需確定診斷的兒童。
尿液標本檢驗 采用定量培養的方法進行尿液菌落計數區別汙染和病原菌。一般認為尿液中的菌落數>105/ml為病原菌，<104/ml為汙染菌，<105/ml >104/ml為可疑需重新複查，重新複查後仍為同樣結果，則應視為病原菌。會受到尿量、尿液在膀胱中停留的時間長短及使用利尿劑等影響。計數的方法有：平板塗布法、傾注培養法和標準接種環法。
一般接種血平板和EMB（或Mac Conkey平板），或CLED平板。尿液細菌L型較為常見，可同時接種L型平板。
尿液標本的快速檢驗 用於尿液快速細菌檢驗的方法有硝酸鹽還原法、氯化三苯四氮唑（TTC）還原法、尿中抗體包被細菌法和產色培養基法等。
4.腦脊液標本
正常人的腦脊液是無菌的。
腦脊液標本的采集 以無菌手續通過腰椎穿刺采集腦脊液3~5ml，應立即送檢或床邊接種。應在35℃保溫運送。
直接塗片檢查 由細菌引起的化膿性腦膜炎一般呈現混濁，在抗生素治療後亦可不混濁。此外結核性腦膜炎、無菌性腦膜炎等也不混濁。
可直接塗片革蘭染色檢查，不混濁的可3000r/min離心10~15min後取沉澱塗片染色檢查。如發現革蘭陰性、凹麵相對的雙球菌，位於中性白細胞內外，則可報告“找到革蘭陰性雙球菌，位於細胞內（外），疑似腦膜炎奈瑟菌”；有革蘭陽性矛頭狀的雙球菌，菌體周圍有明顯的莢膜，可報告“找到革蘭陽性雙球菌，疑似肺炎鏈球菌”。用肺炎鏈球菌全價抗血清進行莢膜腫脹試驗，陽性者可報告“莢膜腫脹試驗檢出肺炎鏈球菌”；發現其他形態的細菌，可根據形態和染色性進行報告。塗片陽性的標本最好進行標本的直接藥敏試驗。
應立即接種在35℃預保溫的血平板和巧克力平板上,置5~10%CO2環境35℃培養18~24h。腦脊液標本一般經3d培養仍未見細菌生長，可報告“經3天培養無細菌生長”。
腦脊液標本特殊病原菌的檢驗
結核分枝杆菌 將腦脊液4000r/min離心30min，取沉澱抗酸染色；或將腦脊液在室溫下靜置18~24h，待形成纖維網後，傾倒在潔淨玻片上抗酸染色。或用金胺“O”進行熒光染色觀察。取沉澱接種羅-瓊培養基進行結核分枝杆菌的培養。
新型隱球菌 將腦脊液離心沉澱後，進行墨汁負染，可在黑色背景中觀察到折光性很強的菌體和周圍似暈輪樣的透明莢膜，有時可見到生芽的新型隱球菌。
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