碘化物緩衝液： 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM EDTA, 4 M NaCl。室溫避光貯存。用的是NEB手冊上寫的方法。
1. 按上述方法進行噬菌斑擴增，在第一步離心後，將500 µl含噬菌體上清轉入一新鮮離心管。
2. 加200 µl PEG/NaCl，顛倒混勻，室溫放置10 min。
3. 離心10 min，棄上清液。
4. 短暫離心，小心吸去殘餘上清。
5. 沉澱物徹底重懸於100 µl碘化物緩衝液中，加入250 µl乙醇。室溫溫育10 min。短時間的室溫溫育使單鏈噬菌體DNA沉澱而大多數噬菌體蛋白保持在溶液中。
6. 離心10 min，棄上清。用70%的乙醇洗沉澱，短暫真空幹燥。
7. 沉澱重懸於30 µl TE [10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM EDTA]中。
8. 5 µl的上述模板溶液足夠進行35S或33P標記的手工雙脫氧測序, 或染料標記的自動循環雙脫氧測序。根據測序方法的不同, 適當增減模板用量。
在用碘化物溶液提取噬菌體單鏈DNA過程中需要注意以下事項：
1.噬菌體上清是經過兩次離心，並吸取上層80%液體得到，去除菌體。
2.操作過程在室溫進行
3.沉澱要用NaI溶液徹底吹打
4.與碘化物溫育時間不能超過10分鍾
5.離心時間準確，不能太長
大量白色沉澱就是蛋白，主要是操作過程中不正確導致的噬菌體蛋白沉澱。
酚：仿提取核酸的方法不失為一種有效的方法，可以償試用一下。
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