病毒與宿主細胞相互作用的結果可引致宿主的臨床和病理變化。病毒對動物的致病機理包括：病毒如何侵入宿主防禦係統和宿主如何反侵入；病毒感染如何對宿主組織、器官和整體造成損傷以及宿主如何補償；病毒感染如何對免疫係統造成損傷以及宿主如何補償。了解病毒動物個體的致病機理是理解動物群體乃至生態係統中病毒致病本質的基礎。
一、病毒感染對宿主組織和器官的損傷
病毒致病的嚴重程度並不與該病毒引起組織細胞的病變程度直接相關，有的病毒能引起組織細胞病變，但不產生臨床症狀，而有的病毒能引起動物的致死性疾病，但卻不產生病變。病毒所致組織細胞損傷是否產生臨床疾病因器官而異，也就是因器官的重要性而異。
（一）、對宿主組織和器官的直接損傷
某些殺細胞性病毒對細胞的直接損傷引致機體的臨床症狀和病理變化，但病毒種類不同其組織細胞嗜性不同，引起何種組織器官的何種細胞損傷是病毒的特征。
1. 對呼吸道上皮的損傷：呼吸道病毒最初入侵並損傷上皮細胞，逐步損壞呼吸道黏膜的保護層，暴露出越來越多的上皮細胞。病毒感染早期，呼吸道纖毛擺動實際上有助於子代病毒沿呼吸道擴散。感染後期當上皮細胞損壞時，纖毛停止擺動。
2. 對消化道上皮的損傷：病毒的消化道感染多數潛伏期短，沒有任何前驅症狀。感染消化道的病毒較多，但其感染機製可有所不同。病毒感染常發生在小腸近端，並逐步向空腸和回腸或結腸擴散。擴展的程度與病毒的攝入量和毒力以及宿主的免疫狀況有關。隨著感染的發展，腸絨毛的吸收細胞被不成熟的立方上皮細胞代替，後者的吸收能力和酶活性雖大為下降，但抵抗病毒感染。病毒感染引致畜禽腹瀉若不因脫水而死，這種病毒感染常常是自限性的(self-limiting)，機體能很快康複，尤其是僅侵染腸腺的感染。
（二）、無組織器官損傷時所致的病理變化
某些病毒感染不引起明顯的損傷，感染細胞仍處於低效能地執行正常細胞功能，但喪失了係統自身平衡必需的特定功能。如淋巴細胞脈絡叢腦膜炎病毒感染的小鼠，由於分泌細胞受病毒感染而使體內生長激素和甲狀腺激素低於正常水平，導致感染鼠的侏儒綜合征。
（三）、易致細胞繼發感染的組織和器官損傷
某些病毒感染除造成直接損傷外，還易使動物發生繼發感染。如副流感病毒3型或其他呼吸道病毒感染奶牛時，損傷纖毛上皮，引起體液滲出到呼吸道中，使曼氏杆菌(即溶血巴氏杆菌)和其他細菌侵入肺，引發繼發細菌性肺炎。
二、病毒的持續性感染
急性自限性病毒感染是指動物機體很快能夠康複，除多數腹瀉和呼吸道病毒感染外，多數病毒感染都有程度不等的慢性症狀。病毒的持續性感染在急性症狀轉輕或轉化為亞臨床後，還可引起輕微的慢性疾病。
（一）、持續性感染的類型
持續性感染可以再次激活，引起宿主的疾病複發，並能引致免疫病理疾病，還與腫瘤的形成有關。病毒能在經免疫的動物體內以持續性感染的方式存活，成為傳染源，具有流行病學上的重要性。
持續性感染主要依據持續性感染期間病毒複製的程度和連續性，其次考慮病毒排放和疾病是否發生，可分為以下4種類型。但某些病毒的持續性感染同時擁有多種類型。
1. 持續性感染(persistent infections)：不論是否發病，感染性病毒終生存在和排放。可能很遲才發生免疫病理或腫瘤病。
2. 潛伏感染(latent infections)：又名隱性感染，除非激活，一般不能發現感染性病毒。
3. 慢性感染(slow infections)：傳染性病毒經曆一個很長的臨床前階段逐漸增多，最終導致緩慢的、漸進性致死疾病。如人和動物的傳染性海綿樣腦病。
4. 遲發性臨床症狀的急性感染(acute infection with late clinical manifestiations)：是指病毒持續性複製與疾病的進程無關的病毒感染。如貓全白細胞減少症病毒，胎貓已受感染，直至青年貓才表現腦綜合征，在神經損傷出現時，並不能分離出病毒。
三、病毒感染對免疫係統的損傷
病毒可感染免疫係統的細胞，感染細胞的種類因病毒種類而異(見表33-1)。病毒感染免疫細胞導致免疫係統損傷，從而加重疾病，或使宿主易於再感染另一種病毒，引起雙重感染(superinfections)。宿主還會因此出現獲得性免疫缺陷和普遍的免疫抑製。
（一）、損傷所致的表現
1. 傳染性囊病病毒感染雞，導致法氏囊萎縮和B淋巴細胞的嚴重缺失，增加了宿主對沙門氏菌等細菌的易感性並發生馬立克病毒等的雙重感染。
2. 人免疫缺陷病毒(HIV1和HIV2)、猴免疫缺陷病毒(SIV)、牛免疫缺陷病毒(BIV)和貓免疫缺陷病毒(FIV)等分別可引起人和相應動物的獲得性免疫缺陷綜合征(AIDS)。這些病毒主要損傷特定的免疫細胞，但損傷免疫細胞的不同，引致免疫抑製程度也有差異。
（二）、病毒病的免疫病理學
免疫應答在疾病的致病機理中起正反兩方麵的作用，對機體既有保護作用也有損傷作用。某些病毒感染，如貂阿留申病毒、禽白血病病毒、馬傳染性貧血病毒、貓免疫缺陷病毒等誘導免疫應答的後果是致病。
（三）、分子模擬引起的自身免疫損傷
分子模擬(molecular mimicry)是指宿主細胞成分與病毒蛋白質之間存在分子結構的線性或構象同源性。如果病毒及宿主的抗原決定簇既相似又不相同，即二者的相似程度足以引起交叉反應，但差異的程度又能突破正常的免疫耐受，這樣的分子模擬就會導致自身免疫病。用單克隆抗體可以驗證分子模擬這一概念。
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