常用的滅菌方法可分為物理的和化學的兩類，即：物理方法如幹熱（烘燒和灼燒）、濕熱（常壓或高壓蒸煮）、射線處理（紫外線、超聲波、微波）、過濾、清洗和大量無菌水衝洗等措施；化學方法是使用升汞、甲醛、過氧化氫、高錳酸鉀、來蘇水、漂白粉、次氯酸鈉、抗菌素、酒精化學藥品處理。這些方法和藥劑要根據工作中的不同材料不同目的適當選用。
1、培養基用濕熱滅菌
培養基在製備後的24小時內完成滅菌工序。高壓滅菌的原理是：在密閉的蒸鍋內，其中的蒸汽不能外溢，壓力不斷上升，使水的沸點不斷提高，從而鍋內溫度也隨之增加。在0.1MPa的壓力下，鍋內溫度達121℃。在此蒸汽溫度下，可以很快殺死各種細菌及其高度耐熱的芽孢。
注意完全排除鍋內空氣，使鍋內全部是水蒸氣，滅菌才能徹底。高壓滅菌放氣有幾種不同的做法，但目的都是要排淨空氣，使鍋內均勻升溫，保證滅菌徹底。常用方法是：關閉放氣閥，通電後，待壓力上升到0.05MPa時，打開放氣閥，放出空氣，待壓力表指針歸零後，再關閉放氣閥。
關閥再通電後，壓力表上升達到0.1MPa時，開始計時，維持壓力0.1-0.15MPa，20分鍾。
按容器大小不同，保壓時間有所不同，見表。該表所列數字是徹底滅菌很保險的數字，如果容器體積較大，但是放置的數量很少，也可以減少時間。
培養基高壓蒸汽滅菌所必需的最少時間
容器的體積/mL 在121℃滅菌所需最少時間/min
20-50 15
75-150 20
250-500 25
1000 30
到達保壓時間後，即可切斷電源，在壓力到0.5MPa，可緩慢放出蒸汽，應注意不要使壓力降低太快，以致引起激烈的減壓沸騰，使容器中的液體四溢。當壓力降到零後，才能開蓋，取出培養基，擺在平台上，以待冷凝。不可久不放氣，引起培養基成分變化，以至培養基無法擺斜麵。一旦放置過久，由於鍋爐內有負壓，蓋子打不開，隻要將放氣閥打開，大氣壓入，內外壓力平衡，蓋子便易打開了。
對高壓滅菌後不變質的物品，如無菌水、栽培介質、接種工具，可以延長滅菌時間或提高壓力。而培養基要嚴格遵守保壓時間，既要保壓徹底，又要防止培養基中的成分變質或效力降低，不能隨意延長時間。
對於一些布製品，如實驗衣、口罩等也可用高壓滅菌。洗淨晾幹後用耐高壓塑料袋裝好，高壓滅局20-30分鍾。
高壓滅菌前後的培養基，其PH值下降0.2-.3單位。高壓後培養基PH值的變化方向和幅度取決於多種因素。在高壓滅菌前用堿調高PH值至預定值的則相反。培養基中成分單一時和培養基中含有高或較高濃度物質時，高壓滅菌後的PH值變化幅度較大，甚至可大於2個PH值單位。環境PH值的變化大於0.5單位就有可能產生明顯的生理影響。
高壓滅菌通常會使培養基中的蔗糖水解為單糖，從而改變培養基的滲透壓。在8%-20%蔗糖範圍內，高壓滅菌後的培養基約升高0.43倍。
培養基中的鐵在高壓滅菌時會催化蔗糖水解，可使15%-25%的蔗糖水解為葡萄糖和果糖。培養基值小於5.5，其水解量更多，培養基中添加0.1%活性炭時，高壓下蔗糖水解大大增強，添加1%活性炭，蔗糖水解率可達5%。
為防止高壓滅菌產生的上訴一些變化可用下列方法：
（1）經常注意搜集有關高壓滅菌影響培養基成分的資料，以便及時采取有效措施。
（2）設計培養基配方時盡量采用效果類似的穩定試劑並準確掌握劑量。如避免使用果糖和山梨醇而用甘露醇，以IBA代替IAA，控製活性炭的用量（在0.1%以下）注意PH值對高壓滅菌下培養基中成分的影響等。
（3）配製培養基時應注意成分的適當分組與加入的順序。如將磷、鈣和鐵放在最後加入。
（4）注意高壓滅菌後培養基PH值的變化及回複動態。如高壓滅菌後的PH值常由5.8升高至6.48。而96小時後又回降至5.8左右。這樣在實驗中就可以根據這一規律加以掌握。
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