2.複合酶製劑的設計，應根據各種酶的特性、活性及飼料原料、飼養對象的不同而不同。有些酶製劑，體外測定活性挺高，作用效果也不錯，但應用效果並不理想。主要原因是體外測定試驗時其作用條件與畜禽消化道內的生理條件相差很大，致使高活性在畜禽體內表現不出來。如有些澱粉酶的最適作用溫度為
3.複合酶製劑所含酶的種類也並非越多越好，應根據飼料原料及飼喂對象而設計。如β-葡聚糖酶，國外主要用於添加於大麥日糧中以降解β-葡聚糖，而我國飼料主要以玉米-豆粕型日糧為主，添加β-葡聚糖酶就沒有什麽效果；果膠酶主要用於降解果膠，飼料中如無青貯飼料，添加該酶也沒有明顯效果。不同的飼喂對象、甚至同一飼喂對象的不同生長階段，體內所需酶類也不一樣，因此添加的外源酶製劑也不應相同，以免造成酶製劑的浪費或添加量不足，影響飼養效益。
現階段存在的問題
1.微生物酶的生產屬於微生物發酵的範疇，而應用屬於畜牧業的範疇，由於專業間的差異，給酶製劑的管理造成一定困難。至今國內尚無飼料用酶製劑統一標準，各生產單位為了使用方便各自利益，自己製訂活力單位、檢測標準，給酶製劑質量評定、飼喂應用帶來一定的困難，同時也不利於生產工藝的進一步優化和產品質量的提高。
2.飼料用酶製劑發酵國內大多采用固體發酵，由於固體發酵生產工藝存在的一些缺陷目前無法克服，造成產品質量不如液體發酵穩定，在生產中(尤其是一些小廠家)有時帶入雜菌，給應用帶來一定的不利因素。
3.飼料加工過程(主要是製粒)中的高溫、配合飼料中的重金屬離子、動物體內環境等可導致酶製劑失活，因此酶的穩定性是酶應用中的一大問題。應用中應注意對酶製劑進行穩定化處理。此外，篩選優良菌種或通過基因工程技術對菌種實行改造，使之產生的酶能耐高溫、有較寬的pH作用範圍等抗不良外界條件的性能，也是可供選擇的一種好方法。
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