三、汙染種類的鑒定方式
1. 針對培養難易菌種鑒定方式
A. 針對易培養的菌種：其種類為真菌，細菌
a.就真菌而言，主要是利用顯微鏡，視其孢子形態、產孢結構、及菌絲有無隔膜、還有細胞壁之形成加以鑒定。目前亦有使用DNA探針加以分析。
b.就細菌而言，則是利用其特殊的生化反應，或是利用選擇性的培養基。目前亦有如用fatty acid profiling技術和商業化的test kits加以鑒定。
B不易培養的菌種，如菌質體，病毒，類病毒。
a.就菌質體而言，主要是觀察其在培養基上菌落的形態。
b.病毒而言，分析其核酸的組成與例子的外形。
類病毒因沒有套膜，以上兩種常利用其DNA有同源性而做探針偵測。
C.病原菌的偵測
利用柯霍氏法來測其病源性。而利用分子診斷，如血清、ELISA、DNA序列、核酸的探針以鑒定種類。
2. 鑒定菌種常用的方式與應用的微生物種類
方法 目標微生物
無種別性
指示培養 所有可培養的細菌
DNA/RNA 螢光染色法 菌質體及有關原核生物
Leaf dip electon microscopy 長條狀的病毒，其數目較多者亦適用
電泳 類病毒
有種別性
ELISA 細菌及病毒
PALIAS 細菌及病毒
ISEM 病毒
DNA探針 所有微生物
快速診斷的 kits 細菌
Fatty acid profiling 細菌
3. 一般對細菌的基本測試
a.Gram stain
b.形狀
c.遊動性
d.催化酵素的測試
e.氧化酵素的測試
f.熱穩定性
g.行氧化作用或發酵作用
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