伯傑氏分類係統是世界上公認的原核生物分類係統 ，該係統1994年已出至第九版。
伯傑氏細菌學鑒定手冊第九版將原核微生物分為35個群，將所有的原核微生物分為四大類 (或四個門)
第一類 具細胞壁的革藍氏陰性真細菌
第二類 具細胞壁的革藍氏陽性真細菌
第三類 無細胞壁的真細菌
第四類 古細菌
35個群如下：
第一群 螺旋體
第二群 好氧/微好氧、運動、螺旋/弧形革藍氏陰性細菌
第三群 不運動(或很少運動)的革藍氏陰性彎曲細菌
第四群 革藍氏陰性、好氧/微好氧杆菌和球菌
第五群 兼性厭氧的革藍氏陰性杆菌
第六群 革藍氏陰性、厭氧、直的、彎曲的和螺旋形的細菌
第七群 異化硫酸鹽或還原硫的細菌
第八群 厭氧、革藍負反應的球菌
第九群 立克次氏體和衣原體
第十群 不產氧的光能營養細菌
第十一群 產氧的光能營養細菌
第十二群 好氧的、化能自養型細菌和相關生物
第十三群 出芽和/或有附著器的細菌
第十四群 帶鞘細菌
第十五群 非光合、不產子實體的細菌
第十六群 產子實體的滑動細菌:粘細菌
第十七群 革藍氏陽性球菌
第十八群 產內生芽胞的革藍氏陽性杆菌和球菌
第十九群 規則的、無芽胞、革藍氏陽性杆菌
第二十群 不規則的、無芽胞革藍氏陽性杆菌
第二十一群 分枝杆菌
第二十二群 諾卡氏型放線菌
第二十三群 多腔孢囊放線菌
第二十四群 遊動放線菌
第二十五群 鏈黴菌及相關屬
第二十六群 馬杜拉放線菌
第二十七群 高溫單孢菌及相關屬
第二十八群 高溫放線菌
第二十九群 其它屬
第三十群 枝原體(或柔膜菌綱):無細胞壁菌
第三十一群 產甲烷細菌
第三十二群 古生還原硫酸鹽細菌
第三十三群 極端嗜鹽、好氧的古細菌(鹽細菌)
第三十四群 無細胞壁的古細菌
第三十五群 極端嗜熱和超嗜熱代謝元素硫的細菌
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