1. 植物本身具有：
（1）植物病原菌
有些作物的病害已被透徹研究，因此在大量繁殖時，可立即檢查出來，但有些則否，造成若有汙染時，不知來源為何。
（2）和植物有關的菌類
有修植物本身便會和一些菌種共生，或是寄生於植物內部。
2. 植物所帶入的汙染：內在汙染源
許多植物表麵或大氣中生存的微生物，可經由植物自然的開口或傷口進如植物內部，而有一些兼性腐生菌或絕對寄生菌，可藉由載體或是擁有一些侵入的機製侵入植物內部，依其存在的地方分為
1. 細胞內－inter
2. 細胞間隙－interacellular
種類有：virus病毒、viroids類病毒、prokarytoes原核生物、fungi真菌、柔膜綱（ex:mite）、立克次體。
3. 操作室：外在汙染源
在組織大量培養下，除了植物本身外，大部分最有可能的汙染來源便是來自操作室。依其可能原因分析為：
（1）空氣
在操作室中，未過濾空氣帶有大量的微生物，隨者操作人員或植株接觸時，而汙染培養皿。故在國外對於操作室內空氣的清潔度分為四種等級：
ClassⅠ.沒有容易培養的微生物，和作物之主要病原菌
Ⅱ.沒有容易培養的微生物，和作物特殊病原菌
Ⅲ.沒有容易培養的微生物
Ⅳ.未做檢測
（2）不完全的滅菌設備或技術
因為使用滅菌不完全的設備或是技術，而導致植株或培養皿的汙染，例如：有些酵母菌，可避免酒精消毒，還有一些會產生內孢子，而避免火焰消毒。
（3）人員
在整個操作室內，人員可說是最大的帶菌者，其不管在毛發或是衣服等，都隱藏屬不清的菌。在進入操作室前，最好能將作業人員清潔處理，然後換上脫鞋，或是將塵土去掉。
（4）細縫的存在
因為若操作室有細縫的存在，則造成外果氣體直接流入，使得空氣中菌數增加。
（5）操作台上的濾網不幹淨
因為使用過久，或不當保養，而造成濾網壞掉，而產生更多的汙染。
（6）蹣及薊馬的存在
此為珠形網，具有活動能力，能到處跑來跑去。因此常造成散亂的汙染。
4.栽培過程汙染
在栽培室，組培瓶外和外界氣體交換時，亦會有汙染進入。汙染機率取決於空氣中帶菌密度與組培瓶空氣交換率。
二、汙染的種類及形式
1. 汙染的形成
依據汙染的來源，可將汙染分為三個形式：
a.由植物內部或病原菌所造成的汙染
植物內部或病原菌所造成的汙染，所呈現是係統性，及從stageo~stage4中都可發現，而且占有一定的百分比。
a. 在製造時所造成的汙染
如因蹣或是空氣中的關係造成的汙染，其所表現的方式是散亂（random）性非係統性，且不集中於某一地方，占的百分比也不一定，是機率性。
b. 技術上的失誤
其呈現方式有一定性，例如由此工作台所生產得植株都被汙染，表現為帶狀性，可用卷標方式來追蹤，以進而改善。
2. 汙染的來源分類
A.汙染的種類，以總體來說可分為下列幾種：
a.病毒(virus)－常存在植物內部。
b.(viroids)常存在植物內部
c.細菌－在組織培養中又分依其來源和所在地方分類如下：
(a) phlem-eimited生長於韌皮部
xylem-eimited生長於木質部
(b)植物病原細菌
(c)空氣中存在的細菌，但因植物有傷口，或是營養豐富的地方，可分為植物表麵的細菌或植物內部的細菌。
例如：Bacillus spp.可抗熱，在不完全滅菌的玻璃器皿中可發現。
(d)菌質體
是一種像細菌的微生物，但是本身沒有細胞壁，可以在培養基培養，亦可用特殊的抗生素（四環黴素）抑製其生長。其種類有microplasm與spiroplasm。
(e)真菌
在植物病害中，真菌所引起的病害特別多且嚴重，且因其會產生孢子，所以會隨著空氣飄散。一旦落於適當的環境下，一粒小小的孢子便會擴大成一個菌落，汙染整個組織培養瓶。例如常見的酵母菌，其菌落為粉紅色，若有其出現，則其汙染來源可能來自空氣。
(f)蹣或薊馬
此為細小的微生物，具有活動能力，喜歡吃菌絲。在國內使用期限較久的組培場中常出現此問題。
(g)立克次體
目前未清楚其汙染方式。
B.以培養難易區分汙染源
1. 在培養基中易培養菌類
細菌，真菌，蹣。
2. 在培養基中不易培養的菌類
病毒，類病毒，立克次體，菌質體。
在組織培養過程中，常造成汙染或是造成威脅的菌類，稱為培養菌類。因常為腐生菌，且營養需求不高（隨便吃，隨便活）所以常造成成本的增加。而且汙染後，常使培養基的pH值降低，洋菜無法凝結，而使植物無法生長或是產生有毒物質或副產品，使得植物生長緩慢，或是幹脆就在植物上生長。在培養基上不易培養或是不能培養的菌種，就不會造成太大的威脅。
C.各種菌種其主要傳播方式
1. 病毒，類病毒，菌質體－常利用機械或利用有載體傳播。
2. 細菌－可經人力，氣流或水，及昆蟲等傳播。
3. 真菌－亦同上，但孢子可經空氣傳播。
4. 薊馬－同上，具活動力，自由運動，應慎防出現。
D.依其菌落生長出現的快慢區別
1. 可見的菌落在組織培養中。一些易培養的菌類，其生長特性為快速蔓延整個組培瓶。但此種汙染可利用工作人員之視覺觀察將之偵測出來將之銷毀，對後代植株造成威脅不大。
2. 潛藏的菌落－在組織培養中有些不易培養或是在植物內部寄生或共生的菌類或病原菌，在培養時沒有表現出來，但是有存在或隻有很微弱的表現，但是未被察覺出來。於是便造成了對後代植株的重大威脅及成本的增加。
其汙染未明顯表現出的原因有下列幾項：
a在培養基中含有抗生素，則菌類不易生長。.
b.在培養基中，因植物本身的汁液含有某些特殊的成分例如：單寧酸，因此抑製菌類表現。
c.培養基成分不適合其大量表現，可能因營養需求不同。
c. 本身菌類生長方式不同：
例如病毒為絕對寄生菌，無法在一般培養基中培養。
E.依其植物棲息的地方分為：
1. 植物表麵棲息的菌類
如：細菌，真菌。
2. 在植物內部共生寄生的菌類：
如：病毒，類病毒，細菌，真菌，菌質體。
3. 在大氣中遊移的菌種
細菌，真菌，蹣。
三、汙染種類的鑒定方式
1. 針對培養難易菌種鑒定方式
A. 針對易培養的菌種：其種類為真菌，細菌
a.就真菌而言，主要是利用顯微鏡，視其孢子形態、產孢結構、及菌絲有無隔膜、還有細胞壁之形成加以鑒定。目前亦有使用DNA探針加以分析。
b.就細菌而言，則是利用其特殊的生化反應，或是利用選擇性的培養基。目前亦有如用fatty acid profiling技術和商業化的test kits加以鑒定。
B不易培養的菌種，如菌質體，病毒，類病毒。
a.就菌質體而言，主要是觀察其在培養基上菌落的形態。
b.病毒而言，分析其核酸的組成與例子的外形。
類病毒因沒有套膜，以上兩種常利用其DNA有同源性而做探針偵測。
C.病原菌的偵測
利用柯霍氏法來測其病源性。而利用分子診斷，如血清、ELISA、DNA序列、核酸的探針以鑒定種類。
2. 鑒定菌種常用的方式與應用的微生物種類
方法 目標微生物
無種別性
指示培養 所有可培養的細菌
DNA/RNA 螢光染色法 菌質體及有關原核生物
Leaf dip electon microscopy 長條狀的病毒，其數目較多者亦適用
電泳 類病毒
有種別性
ELISA 細菌及病毒
PALIAS 細菌及病毒
ISEM 病毒
DNA探針 所有微生物
快速診斷的 kits 細菌
Fatty acid profiling 細菌
3. 一般對細菌的基本測試
a.Gram stain
b.形狀
c.遊動性
d.催化酵素的測試
e.氧化酵素的測試
f.熱穩定性
g.行氧化作用或發酵作用
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