4. 以免疫學方法建立的快速檢測技術
免疫檢測的基本原理是抗原抗體反應。抗原抗體反應是指抗原與相應抗體之間所發生的特異性結合反應。不同的微生物有其特異的抗原，並能激發機體產生相應的特異性抗體。在免疫檢測中，可利用單克隆抗體檢測微生物的特異抗原，也可利用微生物抗原檢測體內產生的特異抗體，兩種方法均能判斷機體的感染狀況。
4.1免疫熒光技術
免疫熒光技術（immunofluorescenceTechnique）是用熒光素標記的抗體檢測抗原或抗體的免疫學標記技術，又稱熒光抗體技術。所用的熒光素標記抗體通稱為熒光抗體，免疫熒光技術在實際應用上主要有直接法和間接法。直接法是在檢測樣品上直接滴加己知特異性熒光標記的抗血清，經洗滌後在熒光顯微鏡下觀察結果。間接法是在檢樣上滴加己知的細菌特異性抗體，待作用後經洗滌，再加入熒光標記的第二抗體。如研製成的抗沙門氏菌熒光抗體，用於 750 例食品樣品的檢測，結果表明與常規培養法符合率基本一致。免疫熒光直接法可清楚地觀察抗原並用於定位標記觀察。
4.2酶免疫測定技術
酶免疫測定（enzymeimmunoassay, EIA）根據抗原抗體反應是否需要分離結合的和遊離的酶標記物而分為均相和非均相兩種類型。非均相法較常用，包括液相免疫測定法與固相免疫測定法。固相免疫測定法的代表技術是ELISA。ELISA技術是抗原或抗體吸附到固相載體上作為一種試劑來檢測標本中抗體或抗原的一種方法。根據反應原理，加入某種酶標記的抗體或抗原，洗滌除去未結合物，加入該酶的底物，酶催化底物生成有色產物，產物的量與標本中受檢物的量有關，根據反應顏色的深淺可定量測定。
EIA 在微生物學領域中可用於病原的檢測、抗體檢測和細菌代謝產物的檢測。EIA具有高度的特異性和敏感性，幾乎所有可溶性的抗體抗原反應係統均可檢測。與放射免疫方法相比較，EIA的標記試劑較穩定，且無放射性危害；與免疫熒光技術相比，EIA敏感性高，不需特殊設備，結果觀察簡便。
4.3免疫印跡技術
免疫印跡（immunoblot）法分三個步驟：第一，SDS聚丙烯酞胺凝膠電泳（SDS-PAGE）。將蛋白質抗原按分子大小和所帶電荷的不同分成不同的區帶。第二，電轉移。目的是將凝膠中己分離的條帶轉移至硝酸纖維素膜上。第三，酶免疫定位，該步的意義是將前兩步中己分離，但肉眼不能見到的抗原帶顯示出來。將印有蛋白抗原條帶的硝酸纖維素膜依次與特異性抗體和酶標記的第二抗體反應後，再與能形成不溶性顯色物的酶反應底物作用，最終使區帶染色。本法綜合了SDS-PAGE的高分辨率及ELISA的高敏感性和高特異性，是一種有效的分析手段。
4.4免疫組織化學方法
是應用免疫學中的抗原抗體反應，借助可見的標記物，在組織原位顯示抗原或抗體的方法。常用的免疫組織化學方法有熒光免疫和酶免疫組化技術、金標免疫組織化學技術和免疫電鏡，該技術特點是對細胞塗片、印片、組織切片進行處理和染色鏡檢。免疫組化技術彌補了上述血清學診斷方法的不足，使得在細胞或組織內檢測病原微生物成分成為可能。對於在宿主組織液中微量表達或不表達抗原、抗體的微生物，免疫組化具有較好的輔助診斷價值。利用免疫組化技術，還能觀察被侵犯組織致病微生物繁殖和對組織破壞情況。
5. 估計微生物數量和菌量的新方法
通過微生物生長所引起的物理、生物化學、生物物理指標的變化來對樣品中的微生物量進行估計，其中有ATP水平、阻抗和導電、接觸酶的測定等。
化學發光的原理：利用可發光化學物質測定被分析物質的濃度。所有生物體的磷酸核苷酸（ATP）含量是相對固定的，當螢火蟲酶係統和ATP接觸時，發生光生物學反應，就會發光。在熒光素和熒光酶過量時，熒光強度與ATP(含量成正比關係。用ATP生物發光確定細菌總數的準確程度依賴於從食品樣品中細菌分離的效果和實驗前將樣品本身的ATP消除的程度。
阻抗測定的原理：當細菌生長時，將大分子物質降解成小的帶高電荷的粒子，從而改變周圍培養基的導電性能。通過測定阻抗或電導變化，可以了解生物活動情況。當微生物含量達到某一值時，阻抗的變化與微生物含量呈相關性，即與汙染程度呈相關性。
微熱量計法（Microcalorimetry）：利用細菌生長而產生熱量的原理設計而成。微生物在生長過程中產生熱量，雖然產生的量很小，但仍能通過敏感的微熱量計進行測量。用微熱量計對微生物計數時，溫譜圖必須與絕對微生物細胞數呈相關性，一旦建立了參考溫譜圖，食品樣品溫譜圖便可與之相比較而得到微生物的絕對數量。
放射測量法（Radiometric）：利用細菌代謝碳水化合物而產生CO2的原理，把微量的放射性標記引入葡萄糖或其他糖類分子中，細菌生長時，糖被利用並放出含放射標記的CO2。有一種儀器（Bactec）可用來測定放射性CO2，放射量與菌數成正比。這一方法適用於測定食品中的細菌.
接觸酶實驗：利用接觸酶反應來估計食品中微生物含量。由這一原理設計出的儀器稱為接觸酶測定儀（Catakasneter）。其原理是通過計算一個含有接觸酶的紙盤，在盛有H2O2的試管中的漂浮時間來估計菌數。當樣品中接觸酶含量高時（表明接觸酶陽性細菌含量高），紙盤上浮的時間短（以 s計）；反之，接觸酶的濃度低，紙盤上浮的時間長（以100s~1000s計）。
6. 分子生物學方法
DNA探針（Gene-Trak）。DNA探針共有兩種類型：一種是含有放射性標記的探針；另一種是無放射性標記的探針。放射性標記的核酸探針的特異性非常強，檢測病原微生物速度比常規法快得多。非放射性標記的核酸探針類型很多，應用較廣泛的有用生物素 - 抗生物素蛋白係統標記的非放射性核酸探針。生物素 - 抗生物素蛋白係統標記的探針已在沙門氏菌、產腸毒素大腸杆菌及乙型肝炎病毒檢測中得到了應用。
PCR(PolymeraseChaninReaction)是聚合酶鏈式反應的簡稱。利用PCR檢測食品中的致病菌，可以對那些人工難以培養的微生物進行檢測。由於在所有細菌中編碼,rRNA的一些基因保守性很強，因此可用 (PCR擴增其相應的DNA片斷，來快速、靈敏地檢測樣品中是否存在某些細菌或致病菌，尤其是那些人工無法培養的微生物。最近又設計了一種DNA指紋圖譜自動分析係統——Ribo Printer (Dupont de Nemours公司產品）。具體操作是從細菌細胞中提取DNA，接著用限製性酶將DNA降解成片段，DNA片段通過電泳得到分開，再轉移至雜交膜上與 DNA探針雜交。由於引入了化學發光標記物，雜交片段發出的光線被相機捕獲，得到的核酸圖譜與其他貯存的DNA核酸堿基序列進行比較，通過核酸匹配分析可以對微生物進行鑒定。
7. 活細胞計數檢測
自動旋轉平板和激光菌落掃描計數法，在均勻薄層瓊脂營養基表麵，以阿基米德螺旋線方式將液體樣品從中心到邊緣均勻塗在平板上。經過培養在計數格區間內計數，或用激光計數器來掃描平板，以透過光的強度來檢測菌落的存在。Petrifium係統(3MCoSt.Paul, Minn)用可重新水化的營養成分取代瓊脂傾注平板。把這種營養成分和一種膠態試劑一起嵌入在一係列薄膜上。取1mL液體樣品滴於膜係統中央，重新水化的培養基便可作為微生物生長的支持物，經過培養後，便可像常規平皿計數一樣直接在膜係統上對菌落進行計數。Petrifilm2000係列從菌群鑒定到結束隻需培養8h。
Redigel係統（RCR Scientific）由多種營養成分與果膠混合並裝入試管，混勻後無需溶解凝膠。試樣直接加入試管後倒入覆蓋有一層鈣質的培養皿中，倒入液體與鈣質形成果膠鈣。培養後進行菌落計數。
疏水網膜（HGMF）技術是常規平皿劃線方法的改進。樣品用疏水網膜過濾，要檢測的微生物被捕獲在疏水網膜的小格中。在接種後的疏水網膜上傾入適當的瓊脂，在適當時間培養後即可計數。由於菌落都是正方形，人工或機械計數都很方便。可用於酵母和黴菌計數、沙門氏菌檢測、大腸杆菌/大腸菌群檢測。
近年來出現了一批可將病原菌鑒定至種以下水平的分子亞型分型方法。包括質粒DNA分析方法、基因組DNA微限製和巨限製分析方法（genomic DNA microestriction and macrorestriction analy-ses）、PCR亞型分型方法等。
