人類通過不斷的研製出新的抗菌藥物來對付細菌日益廣泛複雜的耐藥性，但伴隨著一種新的抗菌藥物的臨床應用隨之而來就是細菌耐藥性的產生，因此對細菌耐藥性的監測便成為臨床微生物學中的一項重要工作，近些年來細菌的耐藥性更趨複雜，新的問題不斷出現，特別是下述的幾個問題。
1.耐青黴素肺炎鏈球菌(penicillin resistant pneumococcci, PRP)：多年來人們一直認為肺炎鏈球菌對青黴素具有高度的敏感性並把青黴素用作治療肺炎鏈球菌感染的首選藥物，但隨著時間的推移，事實使得人們不得不改變這一傳統概念。1965年在美國波士頓首先報道了耐青黴素肺炎鏈球菌的出現。1967年澳大利亞相繼報道耐青黴素肺炎鏈球菌。美國疾病控製中心對1974年～1987年對耐青黴素肺炎鏈球菌調查結果表明PRP低於1%，同時對紅黴素和SME/TMP有將近10%的耐藥率。1994年～1996年的調查結果顯示PRP上升到10%，同時對紅黴素的耐藥率穩定在10%左右，而對SME/TMP的耐藥率上升到18.2%。在某些國家PRP的比例更高，如南非為48%，匈牙利為58%(1988年～1989年)，韓國為70%。PRP的發展速度亦是很快的，如西班牙從1979年到1989年由6%增加到44%，目前我國尚缺少完整的統計資料。
2.耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(methicillin resistant staphylococcous aureus, MRSA或oxacillin resistant staphylococcous aureus, ORSA)：MRSA由於其異質性以及多重耐藥性近年來普遍引起人們的廣泛重視。MRSA在有些國家出現較低，如丹麥為0.1%，瑞典為0.3%，而在某些國家則出現較高，如法國為33.6%，在美國低於200張床位的醫院中MRSA為15%，在高於500張床位的醫院中則在38%以上。MRSA發展亦是很快的，如在美國1975年MRSA為2.4%而在1991年增加到29%。在我國由於在使用方法判斷結果的標準掌握上存在著差異，各地報道數據相差很大，有的地區MRSA在20%以下，而有的醫院報道在70%以上。我院應用PFGE(pulsed fieled gell eletropturisis, PFGE)檢測MRSA為52.4%。MRSA由於其多重耐藥性而給臨床治療帶來了很大困難，特別是MRSA引起的醫院感染更成為一個嚴峻的問題［2，3］。
3.耐萬古黴素的腸球菌(vancomycin resistant enterococcc: VRE)［4，5］：引起感染性疾病的腸球菌主要包括糞腸球菌、屎腸球菌、鳥腸球菌、孤立腸球菌，近年來又增加了雞腸球菌、綿子糖腸球菌和卡氏腸球菌。腸球菌的耐藥性在70年代是表現在對氨基糖甙類藥物的耐藥，如慶大黴素、鏈黴素等。80年代則相繼出現對β-內酰胺類藥物以及糖肽類藥物的耐藥，如萬古黴素和Teicoplanin等，90年代則表現為多重耐藥性［5］。對萬古黴素的耐藥由於其發展迅速一直得到人們的關注，在美國從1989年到1993年從普通病房患者分離的VRE由不到1%而增加到2%以上，而從ICU患者分離到的VRE卻從1%增加到13%，1998年5月Mohammed報道了328株耐萬古黴素屎腸球菌，其MIC為8～1 024 μg/ml。腸球菌對萬古黴素的耐藥是由於存在耐藥基因VanA和VanB或VanC。VanA的存在表現為萬古黴素的高度耐藥(MIC≥64 μg/ml)和對Teicoplanin的低度耐藥(MIC≥16 μg/ml)，VanB的存在則表現為對萬古黴素的低度到高度的耐藥(MIC為16～512 μg/ml)而對Teicoplanin是敏感的。VanC則表現為Vancomycin的低水平耐藥(MIC為2～32 μg/ml)和對Teicoplanin的敏感。VRE的產生受多種因素的影響，包括和使用抗菌藥物有關的因素及其他因素，前者包括使用萬古黴素、先鋒他啶、氨基糖甙類藥物、三代頭孢菌素以及治療厭氧菌感染的藥物，後者主要有長期住院，嚴重疾病、白細胞減少、血液病、骨髓移植以及和VRE攜帶者密切接觸等。
4.耐萬古黴素金黃色葡萄球菌(vancomycin resistant staptytococous aureus, VRSA)：VRE出現後人們一直在擔心VRSA的出現有朝一日會成為現實，人們的擔心不是沒有理由的，試驗證明VRE可以把萬古黴素耐藥基因傳播給金黃色葡萄球菌，動物試驗亦證明VRE可以把萬古黴素耐藥基因傳遞給金黃色葡萄球菌。1996年5月第一株VRSA從日本一名4個月嬰兒心外科手術傷口膿液中分離出來，這株名為Mu50的VRSA表現為對萬古黴素的低度耐藥(MIC為8 μg/ml)，分子生物學研究證實這株VRSA不存在VanA或VanB，檢測其耐藥機製可能和細胞壁有關。此後在美國、美國等國家和地區分離出VRSA，目前世界上已分離出7株，但實驗室研究證實亦不存在VanA或VanB，而可能有其獨特的耐藥機製。VRSA的出現給臨床治療帶來了新的難題，同時更複雜的耐藥機理亦等待著人們去揭示。
如何防止VRSA的傳播，這一嚴峻的問題更需要我們去解決。Rechard Wenzel教授為此采取了許多措施，其處理原則是把VRSA的感染甚或定植者作為烈性傳染病患者進行隔離治療，對VRSA的處理則是采取一係列措施就地控製，就地消滅而不使其傳播開來。
5.耐多種藥物的結核分枝杆菌(multidrug resistant mycotacterium tuberculosis MDR-TB)；MDR-TB是指對兩種或兩種以上的抗結核藥物耐藥的結核分枝杆菌。80年代初結核分枝杆菌迅速抬頭，近年來MDR-TB對免疫功能低下患者更構成了威脅。如同時感染HIV和MDR-TB者其活存時間縮短，其活存時間中位數僅為2.1個月，而單純感染MDR-TB者，其活存時間為14.6個月。
近年來由MDR-TB導致的醫院感染的暴發流行頻率亦趨於頻繁。
6.念珠菌：近年來念珠菌感染逐漸增多，特別是在引起醫院感染病原菌中占據重要地位。外傷、燒傷、營養不良、器官移植、糖尿病、腎功能衰竭、血液病、粒細胞減少症，以及長期大量應用抗菌藥物治療的患者更易出現念珠菌感染。念珠菌菌血症通常波動在5%～6%，而念珠菌菌血症患者死亡率在25%～57%(平均為38%)因此念珠菌感染早期診斷以及及時治療應成為一項極為迫切的任務。
7.超廣譜β-內酰胺酶(extended spectrum β-lactamases ESBLs)：由細菌產生的β-內酰胺酶介導的耐藥基因發生突變後可以產生新的β-內酰胺酶，它除了可以水解原有的β-內酰胺類藥物以外，還可以水解超廣譜頭孢菌素，如頭孢三嗪、頭孢噻肟、頭孢唑肟、頭孢他啶等，因此稱之為超廣譜β-內酰胺酶。此外ESBLs的耐藥基因編碼經常與其他的耐藥基因聯結而使耐藥性更加複雜，例如和氨基糖甙類及磺胺類藥物的耐藥基因聯結而同時出現對氨基糖類及磺胺類藥物的耐藥(multiply resistant)。ESBLs的產生使治療更加困難，使得抗菌藥物的選擇範圍更窄，如目前多選用泰能用來治療。產生ESBLs的細菌多為腸杆菌科細菌，如大腸埃希菌、肺炎克雷伯杆菌、產酸克雷伯杆菌、腸杆菌屬、枸櫞酸杆菌、沙雷杆菌、莫根杆菌等。
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