生物安全櫃如果使用不當，其防護作用將大打折扣。當生物安全櫃安裝後，或每次檢修後，或每隔一定時間，應由有一定資質的專業人員按照生產商提供的說明，對每一台生物安全櫃的運行性能和完整性進行驗證，以檢查其是否符合國家和國際的相關性能標準。安全櫃防護效果的評估應該包括：安全櫃的完整性、HEPA過濾器的泄漏、向下氣流的速度、正麵氣流的速度、負壓/換氣次數、氣流的煙霧模式以及警報和互鎖係統等。還可以選擇光照度、紫外線強度、噪聲水平以及振動性的測試。
生物安全櫃的維修工作應該由具有資質的專業人員負責。在使用生物安全櫃過程中出現的任何故障都應及時報告，經維修並檢驗合格後方可繼續使用。
生物安全櫃在移動以及更換過濾器之前，必須清除汙染。該項工作應由有資質的專業人員來完成。最常用的方法為甲醛熏蒸。
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