目前所使用的發酵劑的篩選是根據微生物的環境適應性和加工特性的要求，因此，我們對微生物了解越多，就越能更好的生產出優良的發酵劑。未來發酵劑的研究將集中在提高乳酸的轉化率，提供良好的風味組分，產生抗氧化劑和微生物抑製劑等功能性物質上。通過誘變篩選理想的酵劑要耗費大量的時間，並不能獲得有些菌株所不具備的新的遺傳特性。另一方麵，可以利用 基因工程手段將存在於其他微生物中有利於發酵肉製品性狀轉移到發酵微生物中。運用基因工程技術對肉品發酵劑的改造主要集中在以下幾個方麵：①增進對發酵微生物遺傳特性的了解；②對發酵微生物自然特性的遺傳修飾和表達調控；③基因工程菌的構建。雖然基因工程技術和基因工程菌主要在奶製品工業中應用，但在發酵肉製品中應用的有些微生物的基因工程正在日益受到人們的重視。
發酵肉製品發酵劑的基因工程主要集中在乳酸菌。目前，已將半乳糖苷酶基因、過氧化氫酶基因和細菌素基因克隆到相關的乳酸菌中。例如，來自於葡萄球菌的溶葡萄球菌素基因轉移到肉品發酵劑的乳酸菌中，在發酵肉製品的加工過程中可抑製金黃色葡萄球菌的生長，從而提高了產品的衛生品質。
展望乳酸菌發酵劑在肉品加工中的應用，除基因工程技術的運用外，還有幾個嶄新的領域為發酵劑的開發和應用提供了方法和途徑。如保藏發酵劑的開發；副產品的綜合利用；產品衛生質量的改善；食物病原菌傳播途徑的有效阻隔等。這將激發發酵劑在世界範圍內更廣泛的應用。
我國對肉品發酵劑的基礎研究幾乎還是空白，已有的工業化發酵劑都依賴於進口，沒有自主知識產權，也不能開發出符合我國人民生活習慣的產品。近幾年來，南京農業大學江漢湖、李宗軍等人對我國傳統的具有民族特色的發酵肉製品的微生態進行了係統的研究，為乳酸菌發酵劑的開發及其在肉製品中的應用打下了堅實的基礎，為具有中國特色的發酵肉製品的生產提供了可能.
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