一、清潔區
包括辦公室、休息室、培養基配製室與試劑儲藏室。此區域禁止帶人細菌檢驗標本。
二、操作區
（1）整潔：微生物操作區是各種病原菌相對集中的地方，為了減少粉塵流動，防止交叉汙染，操作區應與外界分開。實驗室工作人員進入操作區應換鞋，送標本人員不進入操作區，操作區地麵用專用拖把每天拖1 次，每周用消毒劑擦洗1 次。每天早上工作前，用紫外線照射30 min ，或每天工作後，用紫外線照射60 min ，對整個操作區進行消毒；下午工作結束後用消毒液消毒工作台麵，以保證工作環境的安全清潔。
（2）光線：細菌培養的細小菌落及血清試驗凝集顆粒的觀察， 都需要有充足的光線。操作區除設置常規照明燈外，還必須安裝操作台燈，以保證實驗結果的正確判斷。
（3） 通風：由於各種病原菌集中，空氣汙濁，實驗室要求保持排的生物安全櫃中進行。
（4）溫度和濕度：由於無菌操作的要求，實驗過程中經常使用酒精燈，因此，微生物學實驗室不能安裝吊扇。為了達到實驗所需的適宜溫度，尤其是滿足某些儀器對溫度濕度的要求，實驗室應安裝空調。
（5）電源：要求提供穩壓、恒頻的電源；根據儀器設備要求，必要時配備不間斷電源。
（6）水源：操作區內須設置水源。用於標本處理（如細菌染色） 的水槽與工作人員洗手用的水槽不能混用。
（7）汙染物處理：操作區須備有消毒缸，以處理沾有活菌的玻片等汙染物品。檢驗剩餘的標本及使用過的帶菌平板、試管均須集中地點安全放置，經消毒滅菌處理後再洗滌或丟棄。
三、無菌區
（1）無菌室應完全封閉，進出無菌室至少要經兩道門，中間隔有緩衝間，無菌室與外間設置一個可開閉的窗口，用於傳遞器具。
（2）無菌室必須保持整潔。工作人員進入無菌室應換專用鞋、專用衣。無菌室使用前須用紫外線消毒30 min ，操作結束後清潔台麵，再用紫外線消毒30 min 。定期用乳酸或甲醛熏蒸，徹底消毒。
（3）無菌室僅用於培養基分裝等無菌操作，不能進行有菌標本的操作。操作人員操作時應嚴格關門，並戴好專用的口罩、帽子。
（4）無菌室內應有空氣過濾裝置，並安裝空調。
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