1.塗片檢查 糞便標本因各種正常菌群含量甚多，僅以染色性和形態無法分辨是否為病原菌。因此，糞便標本一般不作塗片檢查。隻有懷疑霍亂弧菌及菌群失調所致腹瀉時，才作直接塗片檢查(觀察動力和菌群比例〉。
2 . 培養
(1)沙門誌賀菌培養：①取膿血、黏液樣糞便或肛拭子，直接劃線接種於強選擇性培養基(SS 或H-E、木糖賴氨酸去氧膽酸鈉瓊脂)和弱選擇性培養基(麥康凱、EMB、中國藍瓊脂平板)各1 隻。②用接種針挑選SS和麥康凱瓊脂平板上不發酵乳糖的無色、透明或半透明、中心黑色的菌落2 個以上，分別接種於三糖鐵瓊脂(TSI)和尿素-動力-吲哚培養基(UMI) 。③如TSI 和UMI 上生化反應符合沙門菌特征，用沙門菌A~F 多價"O"血清或因子血清進行鑒定；如符合誌賀菌屬特征，用誌賀多價及5 種誌賀菌因子血清作玻片凝集，一般可作初步診斷。最後鑒定必須進一步作全麵生化反應證實。
(2) 致病性大腸埃希菌培養：引起腹瀉的大腸埃希菌有5 種類型，即腸毒素型大腸埃希菌(ETEC) 、腸侵襲型大腸埃希菌(EIEC)、腸致病型大腸埃希菌(EPEC) 、腸出血型大腸埃希菌(EHEC)和腸凝聚型大腸埃希菌( EAggEC) 。取膿液、液狀或糊狀糞便或肛拭接種於麥康凱(或EMB、中國藍)瓊脂平板， 35℃培養18~24 h ，挑選可疑菌落5個，移種於TSI 和UMI 上， 35 ℃ 過夜後。符合大腸埃希菌的生化反應者，進一步作ETEC 、EPEC 、EIEC 、EHEC 和EAggEC 的鑒定。分型方法參閱有關參考書。
(3) 霍亂弧菌培養：取米泔樣糞便，接種於堿性蛋白腖水中，35℃增菌6 h 後，取表麵生長物或菌膜，用劃線分離法接種於堿性瓊脂平板、慶大黴素平板或硫代硫酸鈉-枸櫞酸鈉鈾-膽鹽-蔗糖(TCBS) 瓊脂平板，35℃培養18~24 h ，觀察菌落特征。該菌在TCBS 瓊脂平板上可形成較大、黃色、微凸菌落。挑取可疑菌落5 ~ 10 個與霍亂弧菌多價"O"診斷血清作玻片凝集試驗。對診斷血清凝集或不凝集的菌株，均應進一步作生化反應和種型鑒定。
(4) 副溶血弧菌培養：取黏凍狀、血性或液狀糞便，接種於堿性蛋白腖水增菌液，35℃培養6~8 h ，移種於TCBS 平板上。35℃培養18~24 h 後形成直徑1.0~2.5 mm、隆起、綠色、濕潤的菌落。取此菌落移種於TSI 和UMI 及無鹽、高鹽試驗進行鑒定。
(5) 小腸結腸炎耶爾森菌培養：將糞便接種於耶爾森菌選擇培養基(NYE) ，分別作22~25℃及35℃培養。患者的糞便或肛拭可在0.067 mol/PBS(pH7.4~7.8)中增菌(4℃) ，於7 日、14 日、21 日分別取0.1 ml 增菌液移種於選擇培養基上。各種平板培養48 h 後，小腸結腸炎耶爾森菌在NYE 及麥康凱瓊脂平板上呈乳糖不發酵菌落，較小、扁平、無色、稍隆起、透明或半透明。取此菌落移種於TSI 、UMI 等培養基，並作生化反應。
(6) 空腸彎曲菌培養：取液狀或帶血糞便，或在卡-布(Cary-Blair) 運送培養基中的標本立即接種於彎曲菌選擇培養基，或先接種於CEM 增菌液，經42℃微需氧(85% N2、10 % CO2 、5 % O2 ) 培養48 h 後，移種於上述平板。在微需氧環境中42℃培養48 h 後觀察其生長情況。空腸彎曲菌形成凸起、略帶紅色、有光澤、半透明、直徑為1 ~ 2mm的菌落，如培養基表麵較濕可擴散生長。各型菌落均不溶血。取此菌落作懸滴或壓滴觀察動力，可見呈擺動的投標樣動力。革蘭染色陰性，兩端稍尖呈弧形或S 形。彎曲菌的鑒定必須結合多種試驗加以鑒定。
(7)金黃色葡萄球菌培養：取綠色、海水樣或糊狀糞便接種於高鹽甘露醇瓊脂平板，35℃培養18~24 h 。挑取金黃色β 溶血菌落，塗片進行革蘭染色，鏡檢。如查見革蘭陽性球菌呈葡萄狀排列，作凝固酶、厭氧甘露醇、耐熱DNA 酶等試驗加以鑒定。
(8) 艱難梭菌培養：取液狀糞便立即接種於環絲氨酸頭孢西丁果糖瓊脂(簡稱CCFA) 平板上，並將糞便作102 ~ 106 稀釋後定量接種。35 ℃厭氧環境下培養48 h 後，選擇粗糙型黃色菌落，移種於葡萄糖庖肉培養基作毒素測定;同時製塗片，懸滴檢查動力、革蘭染色及生化鑒定。
(9) 真菌培養： 真菌性腹瀉多繼發於抗生素治療後，常見的真菌性腹瀉多由白念珠菌引起。將標本接種於含氯黴素的沙氏瓊脂及血瓊脂平板上，置25~30℃ 和35℃培養24~48 h，根據形態染色、菌落特征和芽管試驗等進一步鑒定。
(10) 菌群失調的細菌學檢驗：選用多種培養基，包括強、弱選擇腸道培養基、血瓊脂平板、高鹽甘露醇瓊脂平板、Campy-BA 血瓊脂平板、厭氧瓊脂平板和沙氏瓊脂等，將糞便接種於上述各種培養基後，分別培養於22℃、35℃、42℃需氧、微需氧及厭氧環境中，生長後按各類細菌分別進行鑒定，並觀察其數量變化。
(11)氣單胞菌的培養：取糞便標本接種於血瓊脂平板或氨書西林血瓊脂平板， 35℃培養18~24 h，挑取灰色、光滑、濕潤的菌落進行氧化酶試驗、葡萄糖O/ F 試驗。懷疑氣單胞菌時，進行全麵的生化鑒定。
(12) 鄰單胞菌的培養：取糞便標本接種於血瓊脂平板和麥康凱瓊脂平板上， 35℃培養18~24 h ，挑取灰色、光滑、不透明的菌落作氧化酶試驗、葡萄糖O/ F 試驗，懷疑鄰單胞菌時，進行全麵的生化鑒定。
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