實驗過程中產生的廢氣、廢液、廢渣大多數是有害的，必須經過處理才能排放。
（一）廢氣的處理
少量有毒氣體可以通過排風設備排出室外，被空氣稀釋。毒氣量大時，必須處理後再排出。如氧化氮、二氧化硫等酸性氣體用堿液吸收。可燃性有機廢液可於燃燒爐中通氧氣完全燃燒。
（二）含酚、氰、汞、鉻、砷的廢液處理
低濃度含酚廢液加次氯酸鈉或漂白粉使酚氧化為二氧化碳和水。高濃度含酚廢水用乙酸丁酯萃取，重蒸餾回收酚。
含氰化物的廢液用氫氧化鈉溶液調至pH10 以上，再加入3% 的高錳酸鉀使CN- 氧化分解。CN－含量高的廢液用堿性氯化法處理，即在pH10以上加入次氯酸鈉使CN-氧化分解。
含汞鹽的廢液先調至pH8~10，加入過量硫化鈉，使其生成硫化汞沉澱， 再加入共沉澱劑硫酸亞鐵，生成的硫化鐵將水中的懸浮物硫化汞微粒吸附而共沉澱，排出清液，殘渣用焙燒法回收汞、或再製成汞鹽。
鉻酸洗液失效，濃縮冷卻後加高錳酸鉀粉末氧化，用砂芯漏鬥濾去二氧化猛後即可重新使用。廢洗液用廢鐵屑還原殘留的Cr(IV)到Cr(Ⅲ)， 再用廢堿中和成低毒的Cr(OH)3沉澱。
含砷廢液加入氧化鈣，調節pH 為8，生成砷酸鈣和亞砷酸鈣沉澱。或調節pH10 以上，加入硫化鈉與砷反應，生成難熔、低毒的硫化物沉澱。
含鉛、鎘廢液，用消石灰將pH調至8~10， 使Pb2+ 、Cd2+ 生成Pb(OH)2和Cd(OH)2沉澱，加入硫酸亞鐵作為共沉澱劑。
（三）有機溶劑的回收
廢乙醚溶液置於分液漏鬥中，用水洗一次，中和，用0.5% 高錳酸鉀洗至紫色不褪，再用水洗，用0.5%~1% 硫酸亞鐵銨溶液洗滌，除去過氧化物，再用水洗，用氯化鈣幹燥、過濾、分餾、收集33.5~ 34.5℃ 餾分。
乙酸乙酯廢液 先用水洗幾次，再用硫代硫酸鈉稀溶液洗幾次，使之褪色，再用水洗幾次，蒸餾，用無水碳酸鉀脫水，放置幾天，過濾後蒸餾，收集76~77℃ 餾分。
氯仿、乙醇、四氯化碳等廢溶液都可以通過水洗廢液再用試劑處理，最後通過蒸餾收集沸點左右餾分，得到可再用的溶劑。方法可在有關資料上查到。
（四）廢料銷毀
實驗中出現的固體廢棄物不能隨便亂放，以免發生事故。如能放出有毒氣體或能自燃的危險廢料不能丟進廢品箱內和排進廢水管道中。不溶於水的廢棄化學藥品禁止丟進廢水管道中，必須將其在適當的地方燒掉或用化學方法處理成無害物。碎玻璃和其他有棱角的銳利廢料，不能丟進廢紙簍內，要收集於特殊廢品箱內處理。
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