大腸菌群主要包括腸杆菌科中的埃希氏菌屬、檸檬酸細菌屬、克雷伯氏菌屬和腸杆菌屬。這些屬的細菌均來自於人和溫血動物的腸道，需氧與兼性厭氧。不形成芽泡，在35—39℃條件下，48h內能發酵乳糖產酸產氣，革蘭氏陰性。大腸菌群中以埃希氏菌屬為主，埃希氏菌屬被俗稱為典型大腸杆菌。大腸菌群都是直接或間接地來自人和溫血動物的糞便。本群中典型大腸杆菌以外的菌屬，除直接來自糞便外，也可能來自典型大腸杆菌排出體外7—30 d後在環境中的變異。所以食品中檢出大腸茵群，表示食品受到人和溫血動物的糞使汙染，其中典型大腸杆菌為糞便近期汙染，其他菌屬則可能為糞便的陳舊日汙染。
大腸菌群最初作為腸道致病菌而被用於水質檢驗，現已被我國和國外許多國家廣泛用做食品衛生質量檢驗的指示菌。大腸菌群的食品衛生學意義是作為食品被糞便汙染的指示菌，食品中糞便含量隻要達到10-3mg/kg即可檢出大腸菌群。
一股認為，作為食品被糞便汙染的理想指示菌應具備以下特征：
①僅來自於人或動物的腸道，並在腸道中占有極高的數量。
②在腸道以外的環境中，具有與腸道病原菌相同的對外界不良因素的抵抗力，能生存一定時間，生存時間應與腸道致病菌大致相同或稍長。
③培養、分離、鑒定比較容易。
大腸菌群比較符合以上要求。然而由於大腸菌群在低溫條件不適宜生長，特別是在冰凍條件下容易死亡，所以用大腸菌群作為冷凍食品的糞便汙染指示菌並不理想。由於腸球菌對冷凍條件有強的抵抗力，因而有人主張以它作為冷凍食品的糞便汙染指示菌更為合適。
腸道致病菌如沙門氏菌屬和誌賀氏菌屬是引起食物中毒的重要致病菌、然而對食品經常進行逐批逐件地檢驗又不可能，鑒於大腸茵群與腸道致病菌來源相同，而且一般在外環境中生存時間也與主要腸道病原茵一致，所以大腸茵群的另一個重要食品衛生學意義是作為腸道病原菌汙染食品的指示菌。當然食品中檢出大腸菌群，隻能說明有腸道病原茵存在的可能性，兩者並非一定平行存在，但隻要食品中檢出大腸菌群，則說明有糞便汙染，即使無病原菌．該食品仍可被認為是不衛生的。
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