許多細菌和真菌可以產生毒素。細菌毒素有葡萄球菌毒素、鏈球菌外毒素、肺炎鏈球菌毒素、肉毒毒素、霍亂弧菌毒素、誌賀氏菌毒素、大腸杆菌毒素、白喉杆菌毒素、炭疽杆菌毒素、梭菌毒素、藍細菌毒素等等。真菌毒素有黃曲黴毒素、棕曲黴毒素、麥角、雜色曲黴素、煙曲黴震顫素、玉米赤黴烯酮、交鏈孢毒素、毒蘑菇毒素等等。根據微生物毒素的化學成分，可分為蛋白質類毒素、多肽類毒素、糖蛋白類毒素和生物堿類毒素。根據毒素的作用機理，有溶細解毒素、抑製蛋白質合成毒素、神經毒素、作用於離子通道的毒素、作用於突觸的毒素、凝血和抗凝血的毒素，等。根據導致的疾病可分，引起光敏和過敏反應的毒素、引起精神和神經係統病變的毒素、引起胃腸道和肝髒病變的毒素、致畸致癌的毒素和引起呼吸係統病變的毒素。人類和動物一旦誤食這些微生物毒素，輕則引起各種疾病，重則引起致畸致癌甚至死亡，有的可在極短時間內致人死亡，難以搶救。
然而，正如任何事物都有兩麵性一樣，這些微生物毒素同樣是人類的重要醫藥寶庫，尤其是尋找新藥的資源庫。這些毒素：（ 1 ）可直接用作藥物，如肉毒毒素可用於治療重症肌無力和功能性失明的眼瞼及內斜視。利用白喉毒素的 A 鏈與多種癌症細胞抗體連接研製出導向抗癌藥物。（ 2 ）以微生物毒素為模板，改造和設計抗病抗癌和治療新藥。（ 3 ）作為外毒素菌苗使用，大多數外毒素是蛋白質，注射進人體和動物體後能產生相應的抗體，這些抗體可與毒素有效的結合，幹擾毒素與其靶細胞的結合，抑製其轉運，如肉毒毒素、白喉類毒素、炭疽毒素、金黃色葡萄球菌毒素、 破傷風毒素， 等。（ 4 ）作為超抗原（ SAg ）使用，許多微生物毒素本身就是超抗原，是多克隆有絲分裂原，激活淋巴細胞增殖的能力遠比植物凝集素高 10~100 倍，具有刺激頻率高等特點，可用於治療自身免疫性疾病。（ 5 ）從毒蘑菇毒素中尋找抗癌新藥。毒蘑菇廣泛生長於自然界，每年由於誤食而死亡的人數相當多。但毒蘑菇毒素已顯示出抗癌和延緩癌變進程的良好前景。
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