1 、新鮮果蔬和果汁的腐敗變質
開始引起新鮮水果變質的微生物是酵母菌和黴菌。引起蔬菜變質的主要是酵母菌、黴菌和少數細菌。起初黴菌在果蔬表皮，或其汙染物上生長，然後黴菌侵入果蔬組織，首先分解細胞壁中的纖維素，進一步分解其中的果膠、蛋白質、有機酸、澱粉、糖類等，使其變成簡單物質。在外觀上出現深色斑點，組織變鬆、變軟、凹陷，漸成液漿狀，並出現酸味、芳香味或酒味等。
果汁中主要發生乳酸菌以果汁中糖分、檸檬酸、蘋果酸等有機酸為發酵基質的乳酸發酵和最常見的酵母菌引起的酒精發酵。在濃縮果汁中，一般性細菌難以忍受高濃度的糖分。果汁常見的黴菌是青黴，其次是曲黴。果汁變質後會呈現渾濁、產生酒精和有機酸變化，結果原有風味被破壞或產生一些不愉快的異味。
2 、乳及乳製品的腐敗變質
乳及乳製品的營養成分比較完全，都含有豐富的蛋白質、極易吸收的鈣和完全的維生素等。因此極易為微生物所腐敗變質。
鮮乳中汙染微生物主要來源於乳房內的汙染微生物和環境中的微生物。主要有乳酸細菌、腖化細菌、脂肪分解細菌、酪酸細菌、產氣細菌、產堿細菌、以及酵母和黴菌。它們在鮮乳中的生長有一定的順序性，可以分為抑製期、乳酸鏈球菌期、乳酸杆菌期、真菌期和腖化細菌期， pH 值也是先下降再逐步回升，見圖 12-1 。
含水量合格的奶粉不適宜微生物生長。但原料奶汙染嚴重，加工又不當的奶粉中可能汙染有沙門氏菌（ Salmonella ）和金黃色葡萄球菌（ Staphylococcus aureus ）等病原菌。這些病原菌可能產生毒素而易引起中毒。微生物引起淡煉乳變質，一是產生凝乳，即使煉乳凝固成塊。由於作用的微生物不同，凝乳又可為甜性凝乳和酸凝乳；二是產氣乳，即使煉乳產氣，使罐膨脹爆裂；三是由一些分解酪蛋白的芽孢杆菌作用，使煉乳產生苦味。
微生物引起甜煉乳變質也有三種結果：一是由於微生物分解甜煉乳中蔗糖產生大量氣體而發生脹罐；二是許多微生物產生的凝乳酶使煉乳變稠；三是黴菌汙染時會形成各種顏色的鈕扣狀幹酪樣凝塊，使甜煉乳呈現金屬味和幹酪味等。
3 、肉、魚、蛋類的腐敗變質
禽畜肉類的微生物汙染，一是在宰殺過程中各個環節上的汙染，二是病畜、病禽肉類所帶有的各種病原菌，如沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、結核杆菌、布魯氏菌（ Brucella ）等。腐生性微生物汙染肉類後，在高溫高濕條件下很快使肉類腐敗變質。肉類腐敗變質，先是由於乳酸菌、酵母菌和其他一些革蘭氏陰性細菌在肉類表麵上的生長，形成菌苔而發粘。然後分解蛋白質產生的 H 2 S 與血紅蛋白形成硫化氫血紅蛋白而變成暗綠色，也由於各種微生物生長而產生不同色素，黴菌生長形成各種黴斑。同時可產生各種異味，如哈喇味、酸味、泥土味和惡臭味等。
魚類極易為水生微生物所引起腐敗變質。假單胞菌、無色杆菌（ Achromobacter ）、黃杆菌（ Flavobacterium ）、產堿杆菌（ Alcaligenes ）、氣單胞菌（ Aeromonas ）等，是新鮮魚類的主要腐敗菌。新鮮魚類變質後組織疏鬆，無光澤，由於組織分解產生的吲哚、硫醇、氨、硫化氫、糞臭素等，而常有難聞惡臭。醃魚由於嗜鹽細菌的生長而有橙色出現。
鮮蛋也由於卵巢內汙染、產蛋時汙染和蛋殼汙染而發生微生物性腐敗變質。汙染鮮蛋的微生物有禽病病原菌、其他腐生性細菌和黴菌等。它們使鮮蛋成為散黃蛋，並進一步分解產生硫化氫、氨、糞臭素等，蛋液成灰綠色，惡臭或粘附於蛋殼、蛋膜上。
4 、罐藏食品的腐敗變質
罐藏食品也會發生腐敗變質，其原因在於殺菌不徹底，罐內仍殘留有一定量的微生物，或者罐頭密封不良而漏罐，外界進入微生物。
由於滅菌不徹底而殘留的微生物，一般以嗜熱性芽孢杆菌為主。它們所引起的罐頭腐敗變質有三種：一是罐頭外觀正常，但內部 pH 值可下降 0.1~0.3 ，稱為平酸變質；二是 TA （ thermo-anaerobes ）嗜熱性厭氧菌腐敗，產氣、產酸並可使罐頭脹裂；三是產生硫化物腐敗食品。如罐頭中未殺滅的是厭氧性梭狀芽孢杆菌，則可能會進行丁酸發酵，並產生氫氣和 CO 2 ，不產芽孢細菌的汙染主要是由於罐頭漏罐所引的，它們使罐頭內食品發生渾濁、沉澱風味改變和產氣脹罐。
對於發生腐敗變質的罐頭食品，必須根據腐敗變質的現象作微生物學分析，如是否產氣脹罐，是否渾濁沉澱，是否變酸或 pH 上升等等，以便作出正確判斷，避免腐敗變質的進一步發生。
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