一、海洋毒素
魚類產品，自然地由於海洋毒素的影響會產生一些獨特的食品毒素。我們應對此引起重視，目前在魚類產品中發現的某些毒素是地球上毒害最嚴重的物質。部分有毒物質是特別低等的。有些是耐高溫的，不是普通的烹飪可以殺死的，而且是不易被探測到的，隻能通過一些分析手段才能發現。這些毒素通常不會影響到魚的外觀、氣味及口味。應特別注意的一類海產品是軟體貝類，包括牡蠣、貽貝和蛤蜊。有些特殊的毒素與它們有關，而且這些有貝類毒素所引起的PSP、DSP、NSP、ASP現象在人類的疾病中也有發現。
貝類毒素
PSP（麻痹）
DSP
NSP
ASP
以上毒素的一個共同點是：它們不是由貝類自身產生，而是其它海洋微生物在貝類中存積存形成。
PSP是由海洋藻類形成，主要存在於軟體貝類中。即使食入少量的PSP毒素，也會引起神經係統的疾病，包括：顫抖、興奮及唇、舌的灼痛和麻木感，嚴重時會導致呼吸係統麻木以致死亡。PSP毒素存在於世界範圍之內，包括美國東西兩岸。特別是在阿拉斯加有著攜帶大量PSP毒素的動物。有趣的是，現已在鮐魚內髒中，龍蝦及許多蟹類中也發現了PSP毒素。
DSP是由另外一種海洋藻類產生，大量存在於軟體貝類中一種毒素。所幸的是DSP目前僅在加拿大東岸、亞洲、智利、新西蘭及歐洲地區有發現，在美國尚未證實存在DSP毒素。DSP不是一種可致命的毒素，通常隻會引起輕微的胃腸疾病，而症狀也會很快消滅。
NSP是一種與赤潮有關的毒素，受這種毒素影響的貝類被稱為Brevetoxin，也是源自於一種海洋藻類。而且它會導致食物病菌，存在NSP。這種毒素的典型區域為墨西哥灣。美國南大西洋海岸以及新西蘭，這類毒素雖不象其它貝類毒類那麽嚴重，但同樣也會產生腸胃不舒服及神經係統疾病的症狀如神經麻木、冷熱知覺的顛倒、即冷熱不分。
ASP這種毒素目前隻在北美洲東北、西北、海岸有所發現。同樣的ASP也是源自一種海洋藻類。已在軟體貝類的內髒中有所發現，像蟹類等。這類毒素同時具有胃腸係統及神經係統病毒的症狀，包括短時間失憶，即健忘症。嚴重時也會引發死亡。
盡管加熱可能會減少毒素的含量，但最佳的控製毒素的方法是：在允許的海域內捕撈貝類，通常美國政府會監測允許捕撈海域的海藻情況，在條件允許的情況下，也會監測禁捕區。
鰭類毒素
河豚毒素 西加毒素 鯖魚
有些特定的與鰭有關的毒素包括T.G.S
Tetrodotoxin大量存在於河豚中，在日本的享飪中它被稱為fugu，這種毒類是由河豚自身產生的，清理時必須要除掉。如果不慎食入了沒有妥善處理的河豚，大約在於20分鍾之內就會出現初級的神經係統症狀麻痹症，呼吸係統衰竭、痙攣、心髒跳動不規律、而且經常引致死亡。河豚毒素是地球上現發現的毒害最大的原素之一，FDA隻在有特殊需求時，才允許河豚進入國內。
西加毒素主要是影響熱帶、亞熱帶的礁石魚類，典型的礁魚類包括鰭魚、梭魚、真鯛、鮭魚、鮐魚王。這些魚類都是因為吃那些以食含毒素的藻類為生的小魚而存積在體內大量毒素。引起許多症狀的毒素大多存活期較短、而因西加毒素這種毒素引發的麻木、顫抖、溫度感知顛倒的症狀會持續幾個月，甚至有報告說持續幾年。
鯖魚毒素：在美國大約有一半的鰭類毒素報告中都包括鯖毒類，這是由於鯖類魚中含有大量的組胺，而且胺是由於細菌的生長形成的。含鯖毒素的主要三大類魚是：金槍魚、馬哈魚、青魚，盡管在其它魚中也有發現鯖魚毒素。
因細菌生長而形成的組胺是完全可以避免的。如果正確處理魚類，即從捕撈到上桌前的過程都保持冷存，鯖毒素是可以避免的。如果魚類沒有在一定的時間內，溫度條件下處理好，那麽就非常有可能染毒，如果沒有很好的控製毒類的產生，而染毒的食品又被誤食，就會出現顫抖、候舌灼痛，上半身皮疹及低血壓等症狀，通常這些症狀的出現的很快，消失的也很快。
二、農業毒素
除在海洋生物中發現的自然毒素外，在農業商品中發現了許多自然毒素。總的來說，這些毒素都是真菌類的。真菌毒素是因真菌形成，在自然界中廣泛存在，因此大多數的農產品中都有可能含有真菌。
並不是所有的真菌都有毒，可隻要在一定的外部條件下，如水活度情況、溫度條件及氧氣條件合適的情況下，它就會產生。在各方麵條件合適的情況下，真菌毒素會直接進入食品中。如穀物和小麥的生長，真菌毒素也可以間接進入食物鏈可能導致動物誤食了受汙染的食物，真菌毒類又會通過以動物為源的食品如奶、奶酪繼續延續下去。
黃典黴毒素
黃典黴毒素是從所周知的最危險的毒素之一，盡管它是唯一的一種。黃曲黴毒素是曲黴菌及曲黴寄生菌族類產生的一類結構相關的毒類形成。在合適的溫度、濕度條件下，這類真菌會在各種食品或動物的食物如果仁、各類棉花籽中生長，並產生毒素。
真菌毒素和黃曲黴毒素不會導致那些明顯的如海洋毒素所引發的種種症狀，但它同海洋毒素一樣有危害性。如黃曲黴毒素Ｂ－１這種素性最大的毒素，往往會在產品中占有主導地位，它會導致許多生物的癌病變。包括靈長目動物、鳥類、魚類及齧齒類生物，這些生物中，最首先受到毒害的是肝髒急速細胞壞死，肝硬化、肝癌都與誤食黃曲黴毒素有關。因為沒有任何一種動物體內含有黃曲黴菌的抗體，人類也大有可能受到了類似的感染。
普通的食物處理方法不會減少黃曲黴毒素的含量，控製這類由真菌汙染而形成的真菌毒素的最佳方法是防止食品受汙染或食入已汙染的食品。有一些快迅、有效的方法可以鑒別農產品原料是否受黃曲黴毒素的汙染。生產廠家在進原料時應注意使用這些方法，以保證生產食品的原料安全、無毒。
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