汙染環境生物修複可用原位 ( in situ ) 和異位（ ex situ ）或離位 ( off situ ) 兩種不同方式進行。原位方式即是在汙染環境原地進行技術性生物治理，不需將汙染的土壤或水體轉移。而異位方式是將汙染土壤或水體轉移至指定地點進行集中處理。生物修複的基本方法：一是進行生物擴增，即種植或接種具有降解和富集功能的植物或微生物；二是進行生物性刺激，即施加生物活性物質，刺激和促進土著微生物的生長和增殖，發揮其分解作用。
第一種方法是針對汙染環境的主要汙染物，選擇具有降解這種汙染物的微生物，通過發酵工程獲得大量活性微生物，直接投加入汙染土壤和水體，使汙染環境中能降解這種汙染物的微生物種群在數量上有極大的人為增強，促使汙染物在較短時間內能得到有效降解乃至完全消除。第二種方法是運用給汙染環境添加有針對性的營養物、電子受體和表麵活性劑等物質，給汙染環境中的有關微生物種群創造提高生物活性的條件，有利於微生物對汙染物的降解和轉化。在某些汙染環境中由於汙染物的不同，可能缺乏氮源物質，如原油汙染環境；或者缺乏碳源物質和能源物質，如高氮施用環境。也有可能汙染環境中缺乏微生物所需要的電子供體，如在厭氧環境中缺乏氧氣，或 NO 3 - ， SO 4 2- ， CO 2 ， Fe 3 ＋ 等。許多汙染物是非水溶性物質如石油、 PCBs 、 PABs 等，微生物難以接觸汙染物因而難以快速降解這些汙染物。在生物修複過程中，如能有針對性的加入營養物或電子供體或表麵活性劑，必將極大的有利於微生物的生長與降解汙染物能力的提高。原位修複和異位修複都可通過這兩種方法加速汙染環境汙染物的降解和消除。在大麵積汙染情況下，利用原位修複方法進行生物修複，如可用投加活菌，投加各種有效物質刺激微生物大量增殖，改善汙染土壤和水體的通氣條件，促進相關微生物的大量增殖與快速降解。在汙染環境是一種少量可轉移的情況時，可利用異位修複方式進行生物修複，如利用生物反應器法 (bioreactor) 、預製床法 (prepared bed) 、堆製法 (composting) 、生物堆層法 (biopiles) 等不同的方法。
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