(1) 、細菌
土壤中細菌可占土壤微生物總量的 70 ％ ~90% ，其生物量可占土壤重量的 1/10 000 左右。但它們數量大、個體小，與土壤接觸的表麵積特別大，是土壤中最大的生命活動麵，也是土壤中最活躍的生物因素，推動著土壤中的各種物質循環。細菌占土壤有機質的 1% 左右。土壤中的細菌大多為異養型細菌，少數為自養型細菌。土壤細菌有許多不同的生理類群，如固氮細菌、氨化細菌，纖維分解細菌、硝化細菌、反硝化細菌、硫酸鹽還原細菌、產甲烷細菌等在土壤中都有存在。細菌在土壤中的分布一般粘附於土壤團粒表麵，形成菌落或菌團，也有一部分散於土壤溶液中。且大多處於代謝活動活躍的營養體狀態。但由於它們本身的特點和土壤狀況不一樣，其分布也很不一樣。
細菌積極參與著有機物的分解、腐殖質的合成和各種礦質元素的轉化。
（ 2 ）、放線菌
土壤中放線菌的數量僅次於細菌，它們以分枝絲狀營養體纏繞於有機物或土粒表麵，並伸展於土壤孔隙中。 1g 土壤中的放線菌孢子可達 10 7 ~10 8 個，占土壤微生物總數的 5 ％ ~30% ，在有機物含量豐富和偏堿性土壤中這個比例更高。由於單個放線菌菌絲體的生物量較單個細菌大得多，因此盡管其數量上少些，但放線菌總生物量與細菌的總生物量相當。
土壤中放線菌的種類十分繁多，其中主要是鏈黴菌 ( Streptomyces ) 。目前已知的放線菌種大多是分離自土壤。放線菌主要分布於耕作層中，隨土壤深度增加而數量、種類減少。
(3) 、真菌
真菌是土壤中第三大類微生物，廣泛分布於土壤耕作層， 1g 土壤中可含 10 4 ~10 5 個真菌。真菌中黴菌的菌絲體象放線菌一樣，發育纏繞在有機物碎片和土粒表麵，向四周伸展，蔓延於土壤孔隙中，並形成有性或無性孢子。
土壤黴菌為好氧性微生物，一般分布於土壤表層，深層較少發育。且較耐酸，在 pH5.0 左右的土壤中，由於細菌和放線菌的發育受到限製而土壤真菌在土壤微生物總量中占有較高的比例。
真菌菌絲比放線菌菌絲寬幾倍至幾十倍，因此土壤真菌的生物量並不比細菌或放線菌少。據估計，每 g 土壤中真菌菌絲長度可達 40m ，以平均直徑 5 m m 計，則每 g 土壤中的真菌活重為 0.6mg 左右。土壤中酵母菌含量較少，每 g 土壤在 10~10 3 個，但在果園、養蜂場土壤中含量較高，每 g 果園土可含 10 5 個酵母菌。
土壤中真菌有藻狀菌、子囊菌、擔子菌和半知菌類，其中以半知菌類最多。
(4) 、藻類
土壤中藻類的數量遠較其他微生物類群為小，在土壤微生物總量中不足 1% 。在潮濕的土壤表麵和近表土層中，發育有許多大多為單細胞的矽藻或呈絲狀的綠藻和裸藻，偶見有金藻和黃藻。在溫暖季節的積水土麵可發育有衣藻、原球藻、小球藻、絲藻、綠球藻等綠藻和黃褐色的矽藻，水田中還有水網藻和水綿等絲狀綠藻。這些藻類為光合型微生物，因此易受陽光和水分的影響，但它們能將 CO 2 轉化為有機物，可為土壤積累有機物質。
（ 5 ）、 原生動物
土壤中原生動物的數量變化很大，每 g 有 10~10 5 個。在富含有機質的土壤中含量較高。種類有纖毛蟲、鞭毛蟲和根足蟲等單細胞能運動的原生動物。它們形態和大小差異都很大，以分裂方式進行無性繁殖。原生動物吞食有機物殘片和土壤中細菌、單細胞藻類、放線菌和真菌的孢子，因此原生動物的生存數量往往會影響土壤中其他微生物的生物量。原生動物對於土壤有機物質的分解具有顯著作用。
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