在研究微生物區係時，應該注意到沒有一種培養基或培養條件能夠同時培養出土壤中所有的微生物種類。任何一種培養基都是選擇性培養基，隻是各種培養基的選擇範圍和選擇對象不同。因此必需采用各種選擇性高的培養基來測定土壤中特定的生理類群數量。應用分子生物學技術研究表明，運用微生物學傳統方法分離培養的種類僅僅占土壤等環境微生物種類總量的 1 ％左右，而大量的仍是至今不可培養的未知種類。
對比研究不同土壤微生物區係的特征，可以反映土壤生態環境的綜合特點。如可 反映土壤的熟化程度和生態環境。 如園褐固氮菌可以作為土壤熟化程度的指示微生物，在各種生荒土壤中基本分離不到，而在耕種後的土壤中就能分離到，而且耕作年限越長，每 g 土壤中的園褐固氮菌數量越多。纖維分解菌的優勢種在不同熟化程度的土壤中不一樣。在生荒土中主要是叢黴；在有機質礦化作用強，含氮量較高的土壤中主要是毛殼黴和鐮刀黴；在熟化土壤中的優勢菌是堆囊粘細菌和生孢食纖維菌；而在施用有機肥和無機氮肥的土壤中，纖維弧菌和食纖維菌為優勢菌。
土壤微生物區係中的微生物種類、數量以及活動強度等特點隨著季節變化 ( 包括溫度、濕度和有機物質的進入等 ) 而發生強烈的年周期變化。 根據土壤微生物各類群在土壤中的發育特點，可以分為 土著性區係 和 發酵性區係 兩類：
土著性微生物區係 是那些對新鮮有機物質不很敏感、常年維持在某一數量水平上，即使由於有機物質的加入或溫度、濕度變化而引起數量變化，其變化幅度也較小的那些微生物。 如革蘭氏陽性球菌類、色杆菌、芽孢杆菌、節杆菌、分枝杆菌、放線菌、青黴、曲黴、叢黴等。
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