支原體隻能粘附在呼吸道或泌尿生殖道的上皮細胞表麵的受體上，而不進入組織和血液。支原體引起細胞損害的機理是：粘附於宿主細胞表麵的支原體從細胞吸收營養，從細胞膜獲得脂質和膽固醇，引起細胞損傷；支原體代謝產生的有毒物質，如溶神經支原體能產生神經毒素，引起細胞膜損傷；脲原體含有尿素酶，可以水解尿素產生大量氨，對細胞有毒害作用。支原體除可以粘附於細胞、巨噬細胞表麵外，還可以粘附於精子表麵，從而阻止精子運動，其產生神經氨酸酶樣物質可幹擾精子與卵子的結合。這就是支原體感染引起不育不孕的原因之一。
在動物實驗發現，小鼠腹腔巨噬細胞可以殺滅支原體，而中性粒細胞的作用不大。在體外，IgG1和IgG2抗體有調理作用。可加強巨噬細胞對支原體的殺傷作用。
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