要完全清除食品中微生物引起的人、畜疾患和食物中毒，以及防止食品在貯運中由微生物引起的變質，僅從微生物學的角度來看是完全可以做得到的。例如，利用高溫長時間的滅菌就可以使食品中的微生物全部殺滅。然而這樣的無菌食品就難於符合人們對食品“希望既能不失去或盡可能少失去原有的食品的營養價值，並能保持食品原有的或應有的色、香、味和好的組織性狀”這—要求，故在清除食品中的微生物時，還必須考慮到食品的營養成分和感官性狀有無影響的問題。無論什麽食品，必須在保證無病原微生物和其它毒害物的前提下，再盡量考慮到人們所希望的、對食品的其它—些要求。雖然少量非病原微生物隨食品進入人體後，並不會對人體有什麽危害，可是在—定條件下，存在於食品中的少量非病原微生物很容易引起食品腐敗變質，不利於保存。若食品中含有大量的雜菌，不僅是難於保存，而—旦被人攝食了此種食物後，往往會引起食物中毒。從食品衛生角度看，食品中含有大量雜菌，是由於遭到嚴重汙染的結果，也就是食品不衛生的標誌。同時，含有大量雜菌的食品，也必然會影響到食品消毒、滅菌的效果。綜上所述，要控製或捧除微生物對食品的汙染，必須做好以下幾個方麵的工作。
1．控製原料汙染 食品原料在栽培、捕撈、屠宰、運輸等過程中都有可能被微生物汙染，造成原材料的腐敗變質，造成加工工藝、消毒滅菌的困難，影響產品的衛生質量。因此，首先要注意原材料的選擇與處理，減少微生物的來源。被選用的食品材料應是無病和無寄生蟲的物料，同時，應及時洗滌，清洗泥沙、雜質、腐爛變質部分及表麵附著的部分微生物，食品生產的水源、用水必須符合國家飲用水的衛生標準；而人口密集和工礦業發達區、醫院附近等的水域中，微生物的種類和數量都很多，均必須嚴格地經過人工淨化和消毒處理，而且使用方法也必須得當。
2．加強環境衛生管理 食品工廠應建在遠離重工業區，周圍不應有農藥廠、化肥工廠、垃圾場、糞場、汙水坑及大醫院等。以免受到廢水、廢氣、廢渣和病原微生物及其它汙染物的汙染，對食品加工廠本身的汙染物也必須進行無害化處理。垃圾和糞便可製成堆肥，通過微生物的發酵作用，產生高溫而殺滅病原微生物和寄生蟲卵蛹等。生活汙水或工業汙水應集中通過汙水淨化設備進行處理，可用化學或生物的方法淨化，分解汙水中的有機毒物，殺滅病原微生物。
3．抓好食品生產的衛生管理 首先是食品生產的場所，應符合衛生要求，易於清洗消毒，空間可采用空氣過濾器，造成潔淨的生產環境。第二，保持生產車間四周牆壁、天花板和地麵等六麵清潔。生產設備應該經常清洗消毒，以減少微生物孳生的場所。第三，嚴格執行各項生產衛生製度。生產中應注意簡化工藝，縮短生產流程，做到生產自動化、密閉化和連續化，盡量減少食品在空間暴露的時間，做到不接觸或少接觸人手和其他未經消毒的物品，這是降低微生物汙染食品，提高食品質量的有效措施。第四，加強用水的管理和處理。第五，食品從業人員必須身體健康，並經常對從業人員進行有針對性的體檢，以便及時排除患者及病原菌攜帶者對消費者健康的威脅。從業人員應勤理發、剪指甲、洗手、洗澡，保持個人衛生；工作衣帽、口罩等要經常清洗，保持清潔，特別是操作前雙手的清洗和消毒更為重要．
4．加強食品貯運、銷售等過程中的衛生管理 食品在製造過程中，隻要認真貫徹衛生管理的有關規定，杜絕微生物汙染，生產出符合衛生質量的標準的食品是不太困難的。但食品在儲運、銷售等環節中，如何保證食品不受或不受微生物的汙染，顯得非常重要。
首先是注意貯存衛生，杜絕微生物對食品的汙染，控製微生物生長發育的各種因素，防止微生物在食品中大量繁殖、引起食品變質。其次是注意食品運輸衛生，主要是防止再次汙染；故必須專車運輸，特別是直接供食用的熟食製品，更應有高度清潔的消毒專用車；肉、魚、蛋等易腐食品應在具有冷凍設備的條件下運輸，以防腐敗變質；食品運輸時要注意生、熟分裝，食品與非食品分裝，嚴格禁止食品與化肥、農藥等有毒物質同車裝運，防止微生物及有毒物質或異味、異氣物質汙染食品。再次是必須重視食品的銷售衛生，食品在銷售環節中被汙染的機會甚多,其衛生質量不易得到保證；這—方麵是從業人員不遵守衛生製度，不講究個人衛生所造成，特別是手的清潔更為重要；從業人員在銷售食品時，除應注意穿戴好工作衣帽外，還要洗淨雙手，推行工具售貨，避免用手直接接觸食品；另—方麵是食品滯銷積壓、儲存包裝不良，造成食品受外界環境的微生物汙染。
5．抓好食品企業自身的衛生管理 各食品企業必須有本企業的食品衛生管理與檢驗機構，以保證食品衛生管理與檢驗工作。企業對本單位食品的衛生質量控製首先是規定有科學根據的生產工藝，保留工藝記錄，把每個工段必須完成的衛生措施用表格固定下來，每班填寫，衛生管理人員隨時抽查，把這項工作做為生產工段的任務。利用檢驗手段進行監測，對衛生質量控製最有效。—般應對成品逐批檢驗、較先進的方式則是對生產工藝也利用檢驗手段進行因素分析。不僅檢測成品，還要經常對工具、工人的手、半成品進行微生物學檢驗。從檢驗結果中分析出影響食品衛生質量並進—步提高的因素，再反饋到工藝規程中加以改進，如此循環反饋不斷提高本企業的食品衛生質量。生產衛生質量有了保證，便能更有利於提高食品的生產力，也可以為發展食品資源，擴大企業食品的花色品種和製定新的衛生標準，提供參考資料。
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