多數嗜冷菌在貯存期間，能產生熱穩定性胞外降解性酶類（主要是蛋白酶、脂肪酶和堿性磷酸脂酶），在巴氏消毒過程中基本不受影響，這類熱穩定性胞外蛋白酶和脂肪酶甚至經過UHT處理後仍能保持部分活性，造成乳及乳製品風味及質地上的變異，主要表現為：
1.蛋白酶分解乳蛋白後，導致產品發苦，，水解過程中釋放的氨基酸會使褐變反應加劇，分解k-酪蛋白，引起蛋白膠凝化。
2.分解脂肪後，導致遊離脂肪酸增加，口感風味變差。
目前用於檢測生奶中嗜冷菌數量的方法有多種，最常見的方法是在5℃—7℃培養10天後計數，或將樣品21℃增菌培養後，采用選擇性培養基在21℃培養25小時後，將樣品中G-杆菌作為嗜冷菌汙染的指標，這些方法在時間及針對性上都存在嚴重的缺陷。
絕大多數嗜冷菌產生的蛋白酶具有非常高的熱穩定性，不能通過單一的加熱處理來使這些酶失活，由於存在低溫失活（LTI）現象，利用巴氏消毒或UHT處理結合低溫加熱處理殺滅生奶中嗜冷菌產生的蛋白酶可能是最佳的選擇，最有效的方法是UHT處理後隨之在55℃保溫1小時，蛋白酶活性僅殘餘17%，但將大量的生奶或製成品在55℃長時間保溫無論是設備或經濟上都行不通，因此，主要還是依靠控製生奶中嗜冷菌的生長來控製其蛋白酶的分泌，通過控製生奶貯存溫度達到控製嗜冷菌的數量。
對生奶進行深度冷藏，是控製嗜冷菌的主要方法，當溫度較低時，嗜冷菌的生長表現出較長的延滯期和代時（GT），生奶中常見的嗜冷菌在4℃時平均代時為8—9小時。
生奶貯存開始時細菌濃度對其繁殖速度有重要的影響，當在4℃貯存時，如果初始細菌濃度＜5×104 cfu/ml，則4天後將達到1×105 cfu/ml，如果初始細菌濃度＞5×104 cfu/ml，則4天後將達到5×105 cfu/ml。因此，低溫對嗜冷菌的抑製效果取決於生奶最初被汙染的程度，生奶貯存溫度對產品的質量有重大影響，與6℃貯存的生奶相比，利用從2℃貯存的生奶生產的UHT奶的保質期要長的多。
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