環境監測是測定代表環境質量的各種指標數據的過程。它包括環境分析、物理測定和生物監測。所謂生物監測就是利用生物對環境汙染所發生的各種信息作為判斷環境汙染狀況的一種手段。生物長期生活在自然界中，不僅可反映多種因子汙染的綜合效應，而且還能反映環境汙染的曆史狀況。故生物監測可以彌補物理、化學分析測試的不足，特別是微生物具有得天獨厚的特點，與環境關係極為密切，因此微生物學方法在生物監測中占有特殊的地位。
(一)糞便汙染指示菌
糞便汙染指示菌的存在，是水體受過糞便汙染的指標。根據對正常人糞便中微生物的分析測定結果，認為采用大腸菌群及糞鏈球菌作為指標較為合適，其中以前者較為廣用。
大腸菌群是指一大群與大腸杆菌相似的好氧及兼性厭氧的革蘭氏陰性無芽孢杆菌，它們能在48h內發酵乳糖產酸產氣，包括埃希氏菌屬、檸檬酸杆菌屬、腸杆菌屬、克列氏菌屬等。測定大腸菌群的常用方法有發酵法和濾膜法兩種。
大腸菌群數量的表示方法有兩種，其一是“大腸菌群數”，亦稱“大腸菌群指數”，即1L水中含用的大腸菌群數量。其二是“大腸茵群值”是指水樣中可檢出1個大腸菌群數的最小水樣體積（mL數)。該值越大，表示水中大腸菌群數越小。
我國生活飲用水衛生標準規定，1L水中總大腸菌群數不得超過3個，即大腸菌群值不得小於333mL。
(二)水體汙染指示生物帶
一般的生物多適宜於清潔的水體，但是有的生物則適宜於某種程度汙染的水體。在各種不同汙染程度的水體中，各有其一定的生物種類和組成。根據水域中的動、植物和微生物區係，可推該水域中的汙染狀況，汙水生物帶便是通過以上檢測而確定的。通常把水體劃分為多汙帶、中汙和寡汙帶。中汙帶又分為甲型中汙帶和乙型中汙帶。
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