細菌、病毒、螺旋體和立克次氏體等病原微生物的化學成分相當複雜，有各種不同的蛋白質及脂蛋白、脂多糖，因而它們的抗原組成相當複雜。以細菌為例介紹如下。
1.菌體抗原(somatic antigen)
是細菌菌體抗原的總稱，包括存在於細胞壁、細胞膜和細胞質中的抗原。一個細菌細胞含有許多種菌體抗原，有的抗原是某種細菌所特有，稱為特異性抗原，有的抗原是幾種細菌所共有，稱為共同抗原或類屬抗原。抗原結構是微生物分類鑒定的重要根據之一。革蘭氏陰性菌的菌體抗原稱O抗原，主要成分為多糖、脂類和蛋白質組成的複合物。
2.鞭毛抗原(flagella antigen)
此抗原存在於細菌的鞭毛上。也將鞭毛抗原命名為H抗原。H抗原的化學成分為蛋白質，即鞭毛蛋白，具有很強的抗原性。鞭毛抗原也是分類的重要依據之一。
3.表麵抗原(surface antigen)
存在於菌體抗原(O抗原)表麵的一層結構，如肺炎鏈球菌的英膜抗原。由多糖組成，與菌體蛋白結合具有明顯的免疫原性和特異性，可利用其抗血清對細菌進行分型。傷寒沙門氏菌和其他沙門氏菌的表麵抗原，因與毒力有關而命名為Vi抗原，其化學成分為糖脂。
4.菌毛抗原(pili antigen)
某些革蘭氏陰性杆菌如大腸杆菌的表麵有菌毛結構，也具有抗原性。另外，細胞質由蛋白質組成，其中含有的酶、核蛋白等也應具有一定的免疫原性，但因處於細胞內部，在激發機體免疫應答上不如表麵抗原重要。
(四)佐劑(adjuvant)
凡能特異性地增強抗原的免疫原性和機體免疫反應的物質稱為佐劑，是一種免疫增強劑。與抗原合用，既能增強細胞免疫力，也能提高抗體的產量。佐劑還能改變免疫反應的類型，使體液免疫轉變為細胞免疫，也可改變抗體的種類和亞型，還可改變免疫反應的狀態。
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