對於藥耐藥性的產生，醫院是一重要環節，因為高度易感染病人常常需要延長抗菌藥治療，並出現交叉感染的問題。每家醫院都應該遏製和控製多重耐藥菌的高發比例，有效的控製醫院感染，具體的做法是：
（1）建立良好的微生物實驗室，並發揮其診斷服務的重要作用。（2）加強抗菌藥物處方的管理，限製抗菌藥臨床適應證範圍。（3）預防多重耐藥菌在院內的傳播，加強院內感染的控製。（4）提高患者正確使用抗菌藥的認識，即抗菌藥不能隨便用。用抗菌藥來對付感冒，基本上是沒有用的。（5）抗菌藥使用的原則是能用窄譜的就不用廣譜的，能用低級的就不用高級的，用一種能解決問題的就不要幾種聯合用。（6）一般情況下，不要為了預防而使用抗菌藥，特別是廣譜抗菌藥。還要避免外用青黴素類、頭孢菌素類及氨基糖苷類抗生素，不要把這些抗菌藥配成液體衝洗傷口，避免誘發耐藥細菌的產生。（7）嚴格控製抗生素的預防使用和非醫療中農、林、牧、副、漁以及飼料的抗生素使用。（8）采取限用策略，如輪作製，即將某些抗菌藥停用一段時期後再用，以恢複細菌對藥物的敏感性。（9）根據藥效學/藥動學（PK/PD）特征製訂方案等。
抗菌藥分為濃度依賴型和時間依賴型二種類型，所以在根據PK/PD參數製訂給藥方案時，也有較大的不同。濃度依賴型抗菌藥，濃度越高殺菌力越強，如喹諾酮類、氨基糖苷類、兩性黴素B和甲硝唑等。其藥效學參數是：24h藥物濃度時間曲線下麵積（AUC）/MIC，即AUIC>125～250時不但起效快,且能有效地殺滅細菌和抑製耐藥菌株產生,臨床有效率可達>90%，故應該大劑量每日1次給藥。以及血清藥物峰濃度（Cmax）/MIC的比值>8～12。如氨基糖苷類為每日1次,喹諾酮類為每日1～2次為宜。研究表明，如果喹諾酮類的AUIC>100時，細菌即使未被清除，其對藥物的敏感率仍維持在90%以上；倘若AUIC<100，則耐藥菌會逐日增加，最終細菌幾乎全部耐藥。
時間依賴型抗菌藥，包括青黴素類、頭孢類和大環內酯類的多數品種。其Cmax相對不重要，而藥物濃度維持在MIC以上的時間對預測殺菌力更為重要。時間依賴型抗菌藥要求血清藥物濃度大於最低抑菌濃度（T>MIC），其持續時間應超過給藥間期的40%～50%。不同菌種要求給藥間隔時間的百分比不同。頭孢菌素類的最佳療效為T>MIC 60%～70%,青黴素為50%。所以，時間依賴型抗菌藥需要每日多次給藥，或持續滴注，以維持MIC在間隔時間的50%～60%內，避免誘發耐藥細菌的產生。
根據藥物的PK/PD參數製定給藥方案，以MIC為依據的抗菌治療策略，除了有效地消除感染外，對阻止耐藥突變菌株被選擇而導致耐藥率上升有著重要作用。近年來在對金黃色葡萄球菌、肺炎鏈球菌和結核杆菌等的研究中，提出了防“突變濃度”（MPC）、關閉或縮小“突變選擇窗”(MSW)，最大限度的延長MSW的新概念。所謂MSW就是MPC與MIC之間的範圍,即以MPC為上限，以MIC為下限的濃度範圍。MPC是防止耐藥突變菌株被選擇所需的最低抗菌藥物濃度，或是抗菌藥物的閾值濃度，即耐藥菌株突變折點。
MSW為可產生耐藥菌株的範圍，MSW越寬越可能篩選出耐藥菌株，MSW越窄，產生耐藥菌株的可能性就越小。如藥物濃度僅僅大於MIC,容易選擇耐藥菌株。為此,欲防止耐藥菌株產生,在選擇藥物時,應選擇藥物濃度既高於MIC,又高於MPC的藥物,這樣就可關閉MSW,既能殺滅細菌,又能防止細菌耐藥。研究證實,氟喹諾酮類的MPC一般保持在MIC的7倍以上,就可避免選擇出耐藥菌。如莫西沙星的AUC/MIC之比是加替沙星的2倍,是左氧氟沙星的6倍。所以治療藥物濃度高於MPC，不僅可以獲得成功的治療，而且不會出現耐藥突變。凡是MPC低、MSW窄的藥物是最理想的抗菌藥物，或者藥物在MSW以上的時間越長越好，如莫西沙星在MSW以上的時間長達24h，吉米沙星為14h，加替沙星為6h，左氧氟沙星隻有3h。
細菌耐藥性是細菌進化過程的自然界規律，也是病原微生物與抗菌藥物之間永恒的矛盾。人類要想減少病原微生物對自身健康的威脅，必須製定和采取合理使用抗菌藥物的嚴格措施，包括研究開發新藥、製定管理法規和提高用藥水平等。避免人類被迫回到抗菌藥物前的年代。
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